传说阿尔宙斯从虚无之地诞生，成为世界上的第一个生物。阿尔宙斯创造了世界，而后又创造出了帕路奇亚跟帝牙卢卡，分别掌管空间跟时间。阿尔宙斯身上的邪恶分裂成了冥王龙骑拉帝纳。掌控着异次元的反物质能量。
接着，在世界诞生之初，阿尔宙斯创造了亚克诺姆，由克希，和艾姆利多，分别代表共存于现代的人类和精灵宝可梦之中的意志、知识与感情。它们生存于今天被称为立志湖，睿智湖，心齐湖的湖泊的异空间里，被称为湖中的传说的宝可梦。在此期间，梦幻在精灵宝可梦世界诞生，并包含了当时及未来存在的全部宝可梦的遗传基因。
时间过去了很久。固拉多从地底的岩浆中诞生，盖欧卡在深海的海沟中出现，烈空坐则形成于臭氧层的物质中。烈空坐在臭氧层中盘旋，偶尔也会来到天空之柱休憩。固拉多和盖欧卡分别扩张着大陆与海洋。两只超古代宝可梦终于碰面，带来了为争夺在宝可梦世界之初的优势而进行的激烈战斗。烈空坐最终平息了这场战斗，并使得固拉多与盖欧卡回到各自长眠的洞窟中。为了防止两只超古代宝可梦再度醒来，朱红色宝珠与靛蓝色宝珠被制造，并保管于送神山。
当时，梦幻在世界各地出现，有相当多的分布数量。除此之外，精灵宝可梦世界中出现了天冠山一类的地块，随着雷吉奇卡斯在陆地间的移动，形成了各个地区，在天冠山周围形成的是神奥地区。在这场造山运动中，神奥地区的东北部出现了严酷山，在其中的岩浆中诞生出席多蓝恩。阿尔宙斯创造了金刚宝珠、白玉宝珠和白金宝珠，之后进入了长眠之中。
许多年之后进入了史前时代（约五千年前），并出现了多种存在于那个时期的精灵宝可梦。考古学家已证实这些精灵宝可梦分布于各个陆地，在今天形成了化石并包含着精灵宝可梦的遗传基因。这一时期可能梦幻的数量开始减少，世界上更多地存在其它种类的精灵宝可梦。除了精灵宝可梦之外，精灵宝可梦世界上还出现了人类。
在石器时代、冰河时代和铁器时代，分别出现了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁，它们藏于丰缘地区，并作为打开在切锋神殿雷吉奇卡斯封印的钥匙。
在三千年前，人类从梦幻的基因中克隆出超梦，超梦逃脱了人类的控制并破坏了当时的实验室。不久之后，被超梦破坏的岛屿坐拥的火山喷发破坏了岛上的许多区域。唤醒了固拉多与盖欧卡并使它们再度交战，又再度被烈空坐平息。
在那场战争之后，世界各地发生了异变。由于环境的异常变化，神奥地区开始变得寒冷。当时的邪恶组织使用红色锁链使湖之众神召唤出了帝牙卢卡，帕路奇亚和骑拉帝纳。邪恶组织想要一统世界。那时在天冠山顶出现了一个时空裂缝，也是毁坏的世界的入口。骑拉帝纳和邪恶组织老大进入了毁坏的世界，邪恶组织就此毁灭，可世界还在异变。
两千九百年前，邪恶组织的旧部势力分散成了几个对立的组织。
其中一个邪恶组织控制了捷克雷姆跟雷西拉姆，并试图控制酋雷姆。在强大的酋雷姆的攻击下，这个组织破灭了。
另外一个组织则唤醒了哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔。
原本平静的世界在唤醒了诸多的神兽之后，开始了大乱斗。
超梦还在狂暴阶段，想要把世界毁灭。
当时来阻挡超梦的所有神兽与幻兽，都被超梦无情地摧毁。
有些数量不少的神兽与幻兽，最后还剩下了几只，而数量稀少的神兽与幻兽，最后都绝种了。
其中最具有代表性的，便是盖诺赛克特。
当时的盖诺赛克特，则是人类智慧的结晶。
人类想要利用盖诺赛克特这种人造宝可梦来发动战争，当做战争机器，可在超梦的面前，一切都显得有些徒劳。
在诸多神兽的大肆破坏下，人类的文明渐渐消失，人类的数量也大幅度地削减。
这时，阿尔宙斯从沉睡中苏醒，封印了超梦后，又安抚了其他暴怒的宝可梦，让它们回到各自的空间。
由于人类与宝可梦之间存在着矛盾，阿尔宙斯为了让这份矛盾化解，把所有的宝可梦都封印到了一个大型秘境当中。