再說陳友諒和他的十幾萬大軍，正忙著找地方躲避暴雨呢，突然間，周圍的山上鼓聲大作、鞭炮震天——這是劉基安排的上萬名老百姓在山坡上鼓弄的，目的是迷惑和震懾陳友諒——跟著，朱元璋的幾路伏兵就朝著他的軍隊衝殺了過來。天黑，又下著雨，陳友諒實在搞不清朱元璋到底有多少兵馬，只聽得耳邊到處都是鼓聲鞭炮聲和喊殺聲，好像他的周圍全是朱元璋的軍隊，而他自己的軍隊卻莫名其妙地消失了。
事實是，陳友諒的十幾萬大軍幾乎真的是消失了，既看不清朱元璋軍隊衝來的方向，也沒有人指揮他們該如何應戰，勉強有幾位將領指揮著自己的手下想抵抗一番，可因為地形不熟，到頭來只剩下挨打的份了。最後，陳友諒的十幾萬大軍，至少有一半多官兵都放棄了作戰的念頭，紛紛往戰船上跑，想離開這裡跑到江面上去。可奇怪的事情又發生了，雖然江東橋一帶暴雨不斷，但長江卻退潮了，加上那條小河九曲十八彎的，陳友諒的大小戰船只能在小河裡擱淺。逃不掉，就只能往水裡跳，跳到深水裡的，大都被淹死，跳到淺水裡的，好不容易才爬上岸，還沒來得及喘口氣呢，朱元璋的軍隊就又衝到了跟前。圓圓的月亮不見了，圓圓的太陽從東邊升了起來。江東橋一帶的戰鬥便基本上結束了。再看朱元璋，同李善長、劉基等人一起，有說有笑，精神抖擻地從盧龍山上走了下來。
朱元璋完全有理由為這場大戰而感到自豪。雖然這場大戰只進行了一夜時間，但朱元璋取得的戰果卻無比巨大。陳友諒的十幾萬大軍，掉到河裡淹死的數以萬計，被朱元璋軍隊殺死的，實在難以計數。光是俘虜，朱元璋就逮了兩萬多。陳友諒的數百艘戰船，包括“混江龍”等一些巨型戰艦，十有八九都成了朱元璋的戰利品。說“十有八九”，是陳友諒見勢不妙，帶著一乾親信，乘坐著小戰船溜回了太平，並迅速帶上在太平的駐軍，狼狽地又溜回到了自己的“都城”江州。
對朱元璋而言，應天城外一戰的意義，不僅僅是他取得了完全的勝利，主要的意義在於，經此一役，陳友諒元氣大傷，他當時所能調集的有生力量，幾乎全被朱元璋給消滅了，在較短的時間內，他陳友諒已經很難再調集到一支比較大規模的軍隊了。也就是說，應天城外一戰之後，朱元璋和陳友諒的攻守形勢正好調了個個兒，輪到朱元璋集中兵力向陳友諒的地盤發動大規模的進攻了。那張士誠雖然沒有直接出兵配合陳友諒的軍事行動，但在內心裡，張士誠也是在期盼著朱元璋打敗仗的，朱元璋要是吃了敗仗，他張士誠就會毫不猶豫地向常州和鎮江發動進攻，把應天城以東的地盤全部搶過來。然而，張士誠得到的消息卻是，陳友諒不僅戰敗了，而且還敗得很慘。這樣一來，張士誠就只好老老實實地呆在蘇州城裡，再也不敢輕舉妄動了。