在埃赫那吞的倡導下，全國上下掀起了打倒阿蒙神、建立阿吞神的轟轟烈烈的浪潮。改革運動引起了自上而下、自內而外的巨大的變化，觸及了眾多人的利益。
一時間不知內情的百姓都有一種大難臨頭的感覺，於是富人忙著藏匿私人財產，遷到鄉間避禍。僧侶們如熱鍋上的螞蟻，上躥下跳，企圖影響埃赫那吞的決策。宮廷內部也不安寧。王族成員和一些高級僧侶們便請已經退位的老法老阿蒙霍特尊三世和王后勸阻埃赫那吞。
老法老出於國家的安全和對兒子的關心，在埃赫那吞向他們請安的一個晚上，對埃赫那吞曉之以理，動之以情，可就是不能勸說得埃赫那吞放棄。埃赫那吞對父親說，他知道阿蒙神是底比斯的保護神，可謂根深蒂固。阿蒙神廟僧侶及其家人關係盤根錯節，牽三掛四，使他的政令難以實行，因此他決定遷都，一則避開阿蒙神廟僧侶的糾纏，二則便於管理好埃及和亞洲行省。老法老不同意遷都，但埃赫那吞執意如此，他們也拿他沒辦法，只好由他去了。
埃赫那吞回到宮裡，悶悶不樂，王后涅菲爾提問他為什麼這樣不高興，他便把老法老和王后勸他的事情說了，涅菲爾提王后想了一下，便對埃赫那吞說：“如果這樣，我勸陛下還是暫緩行事吧”。
埃赫那吞說：“僧侶的反對是意料之中的，但對我的行動如此不滿卻沒想到。收回成命，他們自然滿意，但我自己的權威卻在天下人面前丟盡了。況且僧侶們也未必就此罷休，他們心裡藐視我的懦弱。既為一國之君，就需言必行，行必果。我得罪了阿蒙神的僧侶就得罪到底，但同時也取得了阿吞神僧侶的贊同，有得必有失，況且軍隊還握在自己的手裡。”涅菲爾提見埃赫那吞決心已定，就不再勸了。
第二天，法老發布敕令：“由於阿吞神的感召和阿蒙神廟祭司拒不服從命令，自本日起關閉全國各地非阿吞神的神廟，將僧侶趕出廟門回家，還俗為民。一切公共建築物和紀念場上的阿蒙的名字必須徹底清除。在全國各個城市必須建起至少一座阿吞神廟，各級地方官員要帶頭向我的父親阿吞神獻祭、宣誓，永遠忠於英明、偉大的造物主阿吞。”
接著，埃赫那吞又宣布：“已沒收的其他神廟的土地劃歸阿吞神廟，禁止僧侶參政。首都遷往底比斯以北300公里的希爾摩。為新都取名‘埃赫塔吞’，意為‘阿吞垂青的地界’。各級官員必須聽從調遣，消極怠工或拒不服從者須嚴加懲處。”
當天下午，大批軍隊分頭查抄了底比斯的各大阿蒙神廟，強行將僧侶們趕出廟門。許多僧侶背著行李卷離開多年生活的廟宇時熱淚盈眶，內心裡痛罵埃赫那吞。阿吞廟的僧侶接管了阿蒙神廟的大批田產、奴隸和其他財產。
在埃赫那吞的強硬措施下，都城遷到希爾摩，埃赫那吞把政事交給了大臣，自己卻沉浸在宗教幻想中。然而，底比斯的僧侶仍然明里暗裡結集，舉行向阿蒙神的獻祭活動。起初，各個城市的長官還嚴辦違令者，但久禁不止之後也就索性睜一眼閉一眼，更關心的是中飽私囊了。老百姓受租稅和服勞役的雙重壓迫，牢騷滿腹。