因為伊斯蘭教是“單神教”，與傳統的古萊西部落的“多神教”極不相容。同時，教義中提出的施捨濟貧的主張損害了大貴族和富商的經濟利益，以阿布·蘇非揚為首的一些貴族和富商時刻準備謀害穆罕默德。
公元622年9月，穆罕默德及其信徒被迫離開麥加，秘密遷往麥地那。這一遷徙事件就是著名的“希吉拉”，是伊斯蘭教發展史上一個重要轉折點。公元639年，哈里發歐麥爾將希吉拉之年規定為伊斯蘭教的紀元，並以公元622年7月16日為伊斯蘭曆的歲首。
穆罕默德在麥地那受到了歡迎，並被當地的各部落擁戴為領袖。最終，穆罕默德依靠伊斯蘭教信徒以及敖斯和海茲勒支的武裝力量，組成了政教合一的第一個伊斯蘭教的國家。他成為新國家的政治領袖和宗教首領，掌握政治、經濟和軍事大權。公元624年，穆罕默德下令徵收天課，以增加國家財政收入。公元626年，他下令制定並頒布了成文法。
公元627年，麥加古萊西貴族聯合麥加周圍的遊牧部落，集結了1萬多人的武裝隊伍進攻麥地那。穆罕默德鑑於敵我力量懸殊，決定利用麥地那三面環山的天險地勢，在綠洲的道路上深掘壕溝，據險固守。麥加聯軍久攻不下，給養供應困難，不得不退兵。穆罕默德乘勢追擊，俘敵400餘人，斬殺無數，此即有名的“壕溝之戰”。
壕溝之戰，穆斯林取得奇蹟般的勝利，因而也加強了穆罕默德自稱為“真正的先知”的說服力，提高了他的統治地位。迫於形勢，麥加統治者決定承認穆罕默德的權威。公元630年1月，麥加貴族改宗伊斯蘭教。
麥加的歸順，標誌著伊斯蘭教在阿拉伯的決定性勝利。穆罕默德進入麥加之後，清除了克爾伯神廟中的所有的部落神，只保留了那塊隕石，作為全體穆斯林的聖物，又把克爾伯神廟改為清真寺，並規定，每一個穆斯林一生中必須到這裡朝聖一次。從此之後，阿拉伯半島各地部落紛紛派遣代表來表示皈依伊斯蘭教。到公元632年6月，阿拉伯半島已大部分統一。
公元632年6月8日，穆罕默德於麥地那溘然逝去，終年62歲。死後葬於他在麥地那的住所，陵墓之上建有著名的麥地那聖寺。這裡，也成為伊斯蘭教的聖地之一。
此後伊斯蘭教又傳到北非和中亞的大部分地區。到16世紀時，伊斯蘭教徒已經遍布世界各地。伊斯蘭教的產生促進了阿拉伯地區的發展，對於阿拉伯地區的統一發展，抵禦外來侵略也起到了積極的作用。但是，伊斯蘭教中讓教徒進行“聖戰”的教義，使其在傳教的過程中，具有極大的侵略性。伊斯蘭教徒們正是以“聖戰”的名義，在新月的旗幟下，揮舞著阿拉伯彎刀，進行猛烈地擴張，建立起龐大的阿拉伯帝國。