年輕時的聖馬丁博覽群書，盧梭的《社會契約論》、伏爾泰、孟德斯鳩、狄德羅、霍爾馬赫等啟蒙思想家的著作對他的影響很大。阿根廷五月革命爆發後，聖馬丁在密切注視著阿根廷形勢發展的同時，就決心為阿根廷的自由獨立而獻身。
1814年1月29日，聖馬丁訓練了一支主要由黑人和混血種人組成的安易斯山解放軍。他主張精練部隊，因此這支解放軍紀律非常嚴明。
聖馬丁從拉丁美洲獨立戰爭一開始就認為，阿根廷的完全獨立，需要很長的道路，首先只有當西班牙殖民統治者在整個南美洲的主要力量被摧毀以後，阿根廷和其他西班牙殖民地的自由獨立才有保證。其次，他認為，在南美洲，西班牙殖民統治的堡壘和主力是在秘魯及其首府利馬，如果不解放秘魯和利馬，不摧毀南美洲殖民統治的堡壘，阿根廷不可能鞏固已爭得的自由和獨立。
於是聖馬丁制訂了極為遠大的軍事計劃，他勇敢而大膽的決定，要實現解放秘魯和消滅西班牙殖民軍主力，只有越過安第斯山，首先解放智利，然後從海上去解放秘魯。
1817年初，聖馬丁率領遠征軍5000人翻越1.2萬英尺的安吊斯山，出其不意地進攻智利的西班牙守軍，徹底擊潰了敵人。這次勝利在南美獨立運動中是有重要意義的，它使南美解放戰爭由戰略防禦轉入戰略進攻。次年2月，智利宣布獨立。
1820年，聖馬丁開始進攻秘魯。在聖馬丁的領導下，革命軍在秘魯南海港帕拉卡斯登陸，迅速占領了附近的皮斯科鎮。
接著，聖馬丁封鎖了沿海港口，切斷了敵人的海上支援和與內地的聯繫，使敵軍陷入孤立。後來，聖馬丁又親自率領部隊在秘魯北部進行作戰。經過英勇鬥爭，1820年底秘魯北部地區基本上已經全部解放。殖民軍隊不得不退出利馬，退往內地山區，聖馬丁率軍進駐利馬，正式宣告秘魯獨立。並出任護國公，成立新政府。
由於聖馬丁在南美解放運動中樹立了不朽的功勳，他後來擔任了阿根廷北方軍總司令，還享有“南美洲的解放者”、秘魯、智利、阿根廷三個共和國的“祖國之父”和“自由的奠基人”、“南方的華盛頓”等各種稱號。
但當他取得了赫赫戰功，阿根廷人民準備熱烈歡迎他時，他卻悄悄地躲開了。
關於他激流勇退的原因，有各種說法，但最直接的原因，是舉世聞名的“南北巨子”瓜亞基爾會談。
1822年7月25日，聖馬丁來到瓜亞基爾，與玻利瓦爾會談，但雙方存在分歧，聖馬丁悄然離去，並於1822年9月召開國民代表會議，發表了辭職演說，把政權交給代表會議。