蒙哥馬利的話，讓垂頭喪氣的軍官增添了勇氣和力量。隨即他把陸軍和空軍聯合在一起。為了加強阿拉曼的防禦能力，他在險要的地形前面布滿濃密的雷陣。以厚密的雷陣配合，對阿蘭哈法嶺以重兵據守，敵人從任何地方進入，都可以從側面加以反擊。
8月30日，德、意非洲軍在隆美爾的指揮下對防線發起攻擊。他從北中南三面同時展開攻勢，北部只作佯攻，中部也只是牽制性的進攻，他把主力放在南面，試圖攻下阿蘭哈法嶺。對隆美爾的進攻，蒙哥馬利採用堅強的守勢，派飛機、大炮對非洲軍陣地不間斷地轟炸，消耗對方實力。對於缺乏補給且武器落後的隆美爾來說，阿蘭哈法嶺之戰是孤注一擲。
英軍的堅固防禦和空中攻擊的猛烈，打破了隆美爾的企圖。9月1日，非洲軍被迫放棄大規模進攻。兩天內3艘補給油船被英軍擊沉，嚴重缺乏燃料的隆美爾不得不加強防禦。他在前方陣地埋下50萬顆地雷、炸彈和炮彈，只用前哨據點扼守，在雷區後做防禦戰準備。
隨後隆美爾因病情嚴重，將指揮交給斯徒美將軍後，於9月22日返回德國就醫。
蒙哥馬利這時正積極準備著反擊工作，他把主力的打擊擺在北面，派一個裝甲師盯死陣地南端，分散敵人的注意力，用13軍牽制敵人右翼的輔助性進攻。從10月6日到23日的夜間，英空軍加緊對敵人的交通線及運輸工具的轟炸，阻斷其供給。為掩蓋其作戰意圖，隱蔽各部分兵力，誘騙敵人對於攻擊日期和方向作錯誤的預測，蒙哥馬利實施了一個用假帳幕、倉庫、戰車、車輛、炮位、水塔和油管做偽裝的大規模掩蔽計劃。
10月23日晚上，英軍借著明亮的月光，開始了大規模的反擊。遼闊的阿拉曼沙漠上戰車隆隆，炮聲震天，英國夜航轟炸機一次又一次出現，對暴露的德軍進行輪番轟炸，英軍的炮彈像冰雹似的落在德軍陣地上，照明彈照亮了整個戰場，一切都明亮得如白晝一般。
在英軍開始進攻的第二天，斯徒美在英軍炮火轟擊下因心臟病發作而喪命。在希特勒的催促下，隆美爾於10月25日返回非洲重新負起指揮職責。
緊急返回的隆美爾命令部隊進行堅決的防禦。他準確地判斷出英軍的主攻方向，著手向北調集軍隊，南部只留義大利軍防守。激烈的戰鬥持續到29日晨，隆美爾指揮部隊有效地遏止了英軍的進攻。
蒙哥馬利根據戰場的變化，調整了兵力部署。他把戰鬥力很強的第七裝甲師調到北面，實行“增壓作戰計劃”，於11月2日凌晨在猛烈炮擊和轟炸機支援下，英軍開始進攻，飛機和炮兵轉向轟擊德軍防禦陣地，美式薛曼式戰車可遠距離發炮，德軍火炮卻不能擊毀它。隆美爾調集全部的坦克，拼命抵抗。雖然阻止住英軍的長驅直入，但戰車僅剩下35輛。
11月2日晚，隆美爾準備後撤到50英里外的富卡。但11月3日希特勒命令隆美爾：“在你目前所處的情況下，不能有別的考慮，只能堅守陣地，不後退一步，並把每一枝槍和每一個士兵都用於戰鬥。不勝利毋寧死！”