9月1日非常國會選舉孫中山為海陸軍大元帥，陸榮廷和唐繼堯為元帥。10日，孫中山宣誓就職。同日，非常國會通過了軍政府各部總長名單，外交：伍廷芳，財政:唐紹儀，陸軍：張開儒，海軍：程璧光，內政：孫洪伊，交通：胡漢民，軍政府參謀總長：李烈鈞，大元帥府秘書長：章太炎。這種人事安排或許體現了中華革命黨人主動與西南實力派以及國民黨穩健派合組護法軍政府的願望。
或許他們中間有一些是真正的仁人志士，但是他們萬萬沒想到自己等人只不過是配襯，主角是誰呢？是孫中山，一個只會叫喊著「上呀！同志們！」的嘴炮黨，如果打贏了他就會裝模做樣出來表彰大家，接著摘桃子，但是輸了呢？只會逃，逃得比誰都快！類似這種的事情都不知道發生了多少次了，而這次為什麼他會有這樣的勇氣呢？那是因為他的背後站著東南與西南最大的兩個軍閥，占據兩廣的陸榮廷還有控制滇黔的唐繼堯。
可這兩人要的不是共和，陸榮廷想借著『護法』的名義進攻湖南，達到控制東南、乃至華中的野心，而唐繼堯就更明顯了，人家都把西南當成自留地，手腳都伸進四川了，還用說？只是礙於情面不敢大肆進攻，有了『護法』這個名義就不一樣了，立馬大軍進犯，呵呵！
中華民國軍政府的成立，標誌著護法運動高潮的到來，也標誌著南北對峙局面的形成，段祺瑞作為北洋領頭人，繼承袁世凱武力統一中國的衣缽，決心以北洋武力鎮壓西南護法，這樣子就不打算善了，人家都欺負到頭上了，是我，我都忍不了，於是十月，雙方開戰，護法戰爭爆發。
而此時的馮庸在幹嘛呢？他難道不想接著這個機會擴大地盤嗎？畢竟是打算用自己的力量帶動中華崛起的人，這個機會不抓住豈不是浪費了，可是福建軍隊咱是還沒訓練好，他不是不想，而是無能為力呀！所以只能埋頭看著別人吃肉，這種滋味難以述說，其實他也是想快速完成力量的組織，然後插手其中，這種熱鬧豈能不湊。
於是福建方面，八月底宣布福建陸軍學院、海軍學院、空軍學院正式成立，至於福建大學早在八月半就開學了，畢竟不同於軍事院校，有那麼多均是設施需要完善。還有那個神秘的特殊作戰學院只會在福建軍隊裡招收學員，並不對外開放，畢竟這種險要的底蘊不適合太早暴露出來。