雖然福建三軍校成為國內一時熱點，不過眾說紛紜，難免會有一些看得不爽的人。陸榮廷、李純還有那些所謂的護法軍人士都在報紙上公開發表批評，指責福建在護法尚未成功之際，不思支援中華民國軍政府，反而做一些無所謂之事，引得無數仁人志士紛紛南下投考軍校，甚至還有打算去廣東參加護法軍的人都跑去福建了，福建簡直是飢不擇食呀！真是是可忍孰不可忍！
這一類的評論，通常福建的人都不會在乎的，用後世的話來說，這群只會說的人那就是嘴炮黨，在馮庸眼裡，這個亂世，只有拳頭大的人才配有話語權，光會說有屁用，有種就開干呀！那些鼓吹護法的不過是孫大炮底下的嘴炮黨，就算沒有福建招生，也不見得有多少人會支持他們，畢竟這個時代，真正愛國的人還是很多，像這種不顧百姓撩起戰火的舉動能得到他們的認可才怪！
雖然馮庸不想搭理他們，但是所謂的革命軍政府還派了人主動前來接觸馮庸。十月初，孫中山派章太炎來到福州求見馮德麟，而馮德麟不想應付這些破事，於是就讓他去找馮庸商量了。
如今的軍事委員會文政人員增加了很多，這些新增的人員大多是武備學堂、陸軍中學堂裁撤之後留下的文職人員，也有部分是最近招聘的懂軍事的文人，總不可能像原來那樣，整個軍事委員會就那麼幾個人吧！再說了，有些事，軍隊裡帶兵的那些大老粗哪裡處理得來。而且軍事委員會的工作量增大了不少，倒不是軍隊訓練的事情，而是三所軍官學院的招生工作幾乎占了大半的人力資源，為了保證軍事委員會的軍教政人員互不干涉，降低軍事機密外泄的風險，同時也為了提高人力資源的利用率，所以軍事委員會也另外擴建了一個比福建省政府大院都絲毫不差的院子，作為辦公地點。
在建造這所軍事大院的時候，馮庸就明確劃分好了辦公地點，因為武官和文職人員職責不同，所以分成兩部分，一部分歸文職人員使用，一部分劃歸委員會下轄的武官使用。至於那些軍官，主力部隊還在訓練中，三個師的軍事主官暫時還沒安排，需要等三個月訓練期過了再編組；而那三個守備師已經下放到各個市駐紮了，由於武器裝備的不夠，所以原來二十八師、獨立團加上繳獲的各式步槍勉強把他們裝備起來了，邊駐紮邊練著。所以也就馮庸一個人呆在軍事委員會，而且他也不常在，蠻忙的，一會視察軍工廠，一會視察各軍官學院。
新建的軍委會大院分南北院，南院是文政部門辦公的地方，北院後面會成為師級以上軍官的辦公地點。雖然現在軍委會的職能劃分不明確，不過馮庸不打算把軍委會分文武兩個部門，畢竟是軍事機構，部門間還是參雜著好點。
章太炎在福州可算是跑遍了，先在督軍府被馮德麟趕來跟他兒子商量，可誰想馮庸不按套路出牌，竟然不在軍事委員會辦公，倒是讓他在軍事委員會等了半天，結果有人告訴他，馮庸去南郊外視察部隊訓練了，好不容易才在副官的帶領下見到了他。