後來，NFL賽場之上出現了一名載入史冊的十八號四分衛。
作為曼寧家的小兒子，伊萊一直都是備受欺負的那一個，就如同兩個哥哥的玩具一般，小時候就跌跌撞撞地追趕著哥哥的腳步，長大之後更是如此。不過，在橄欖球環境薰陶之下，伊萊也漸漸顯現出了自己的傳球天賦。
大學期間，伊萊在萬眾矚目之下取得了無數優秀的成績，並且在密西西比大學，打破了一系列由自己父親保持的隊史記錄——佩頓選擇了密西西比大學的死敵田納西大學就讀，當年還引發無數爭議，曼寧家的小兒子則回歸阿奇的母校，重現父親的輝煌。
2003年，曼寧家的二兒子佩頓已經成為了聯盟之中的一股中堅力量，職業生涯首次當選了常規賽MVP，這使得伊萊的選秀前景備受看好。
佩頓似乎天生就是一名領袖，成熟穩重、運籌帷幄、深謀遠慮，但在關鍵時刻卻總是缺少了一股兇狠的戾氣，所以，常規賽比賽之中，佩頓總是能夠輕鬆駕馭比賽，大殺四方，但季後賽卻遲遲無法取得突破，一直到2006賽季，才迎來了職業生涯的第一座超級碗。
而伊萊則不同，他似乎天生就是一名賭徒，膽大妄為、兇猛激進、殺伐果決，平時狀態總是起起伏伏，關鍵時刻卻總是能夠迸發出一股強大的力量，力挽狂瀾。繼承了來自父親的傳球手感，更是與佩頓一脈相承，值得信賴。
2004年的選秀大會之上，伊萊·曼寧被認為是狀元秀的第一人選。不過，當年手握狀元簽的是聖迭戈閃電，伊萊通過父親明確地表示，拒絕為閃電隊效力。
這是一項聯盟公案，只有曼寧家族自己知道原因。
傳聞說，阿奇希望小兒子前往國聯，避開佩頓所在的美聯，避免賽季之中過多的兄弟對決，在季後賽名額競爭之中不會太過殘酷，而聖迭戈閃電就是美聯的球隊。
還有傳聞說，那是因為聖迭戈閃電的糟糕管理層，讓選秀前造訪球隊的伊萊和阿奇大失所望，導致了後來的拒絕。
另外一種說法是，和佩頓同一年選秀的聯盟最大水貨萊恩·利夫，就是在聖迭戈閃電隕落的，但與利夫的個人能力無關，而是閃電隊內部的氣氛和管理太過糟糕，淹沒了利夫的個人能力。
但不管是哪一種傳聞，曼寧家從來不曾做出正面回應，這也是一個未知懸案了。
後來，聖迭戈閃電在選秀大會之上，還是不依不饒地選擇了伊萊·曼寧。當時，在一片噓聲之中，伊萊滿臉尷尬地接過球衣，接受記者照相，這也成為了聯盟選秀歷史上最尷尬的畫面之一。
不過，閃電隊做了一筆交易，選擇了伊萊之後，他們就迅速將伊萊交易給了紐約巨人隊，代價是，當年手握第四順位選秀權的巨人選擇了菲利普·里弗斯，巨人將里弗斯交易給閃電，並且還為此付出了次年的多個簽位，包括首輪簽。