文官官制改革比起军制改革来复杂得多。没有办法，这一改革直接关系着百万读书人的利益，任改改动都影响着无数学子的命运，稍有不慎就可能引发灾难性后果。元朝是怎么完蛋的？原因有很多，其中最重要的一条就是降低了读书人的地位，将读书人打成了老九————差不多是跟乞丐、娼妓的地位差不多了。那些读书人没了出路，自然要造反的，偏偏元朝又很能作死，所以这个超级大国一下子就被弄死了，渣都没剩下来。所以到了明朝中叶，大家明知道现有的制度有很大问题也不敢去动，宁可抱残守缺混下去也不敢改革，害怕重蹈元朝的复辙呢。
不过朱聿键没有这方面的顾虑。这一仗把大半个大明给打烂了，没了那么多坛坛罐罐，他反而可能放开手脚，大刀阔斧的进行改革，而崇祯就绝对做不到。他比崇祯更有优势的地方就在于，他长时间生活在民间，对大明现行的制度的弱点看得一清二楚，而崇祯能看到的只有紫禁城这一方天地，知道有问题，却不知道问题出在哪里。
隆武新政关于文官官制改革的第一条就是，废除次辅和枢辅，首辅改名为首相，内阁最高权力系于首相一身。首相由军政两界最杰出的人才竞选产生，皇帝无权任命，不得干涉竞选，不管选上来的是谁，只要程序合法，皇帝都必须予以承认。同样，皇帝也无权罢免首相，如果首相有大的过错，可以向皇帝提出辞职，皇帝随意罢免首相是违反宪法的，内阁不会通过。这一条得到众多文官的一致同意，撤掉次辅和枢辅让首相少了很多掣肘，可以集中精力去干自己想干的事情，而大明的首辅绝大多数精力都用来防自己人和整自己人上面了，这很不好。皇帝不得任命、罢免首相这一条更是大妙，崇祯这些年都他娘的换了多少个首辅啦？唯一不妙的是，这极大地限制了皇帝的权力，差不多把皇帝给架空了……但是对于大明来说这根本就不算个事，皇帝被架空那是常态，现在只不过是把这种常态程序化、合法化而已！
原本首辅下辖的四部，兵部改为军部，主管全国军事，由两位元帅掌握这一部门，文官无权插手。吏部原有权限不改，工部则细分开来，分为农业部、工业部、水利部、交通部，分别负责农业生产、工业发展、水利工程、修建道路和桥梁，这四个部门平级，不分大小。兵杖局改名为军工部，划归军部，负责研制和生产武器装备，直接对军队负责，内阁无权插手军工研究和生产，否则等同于干涉军事。户部拆分为国土资源部、统计部、税务部、财政部，分别负责管理全国国土资源、统计人口数据和田亩数据、征税以及财政收支管理，以上四部都是平级，各自负责自己部门的事情，哪个部门出了问题，内阁直接找该部门老大算账，他们还想像以前有个户部那样什么都往户部尚书身上推，再由户部尚书和稀泥，那是不可能的。同时还要成立教育部，专门负责推行全国性的义务教育和高等教育，教育部同样跟以上八个部门平级。
这些部门再加上军部，基本上构成了帝国的框架。
九部之下就是省级官员了。省级官员撤掉巡抚和巡按，一省大权归于总督一身。总督之下设人事部、交能部、水利部、工业部、国土资源部、统计部、税务部、财政部、教育部，除此之外还要设立卫生部和法院。尤其是卫生部，非常重要，除了培养医学人才、开设医院之外，防止瘟疫，一个地方如果发生了大规模疫情没有得到有效控制，中央直接找总督算账，总督则会在自己完蛋之前先把卫生部部长掐死。府、县两级行政机构的结构跟省级基本一样，只是级别低了而已。这一轮改革下来，让每一个县都具备了相对独立的行政行力，就算是世界末日到了，各地方也可以依靠原有的行政体系迅速作出反应，从而避免以前那种一旦皇帝被打掉整个帝国就完蛋的操蛋格局。
县以下就是镇、乡、村三级行政机构了。帝国新政规定，乡长和村长必须由竞选产生，镇长由县官任命，乡长和村长竞选的结果必须得到县官的承认，县官任命的镇长必须得到县公民代表大队和知府的承认，否则就是违法的。这一举措直接打破了皇权不下乡的格局。以前乡镇一级基本上都是地方宗族说了算，皇权能管到的，顶多也就是县一级而已，县以下的完全是独立王国，现在还想玩这套可就行不通了。同时新政还规定，乡长、镇长有权竞选县长，只要他的政绩足够出色。而当上了县长之后，基本上就是天高海阔了。这一条是安地方宗族势力的心的，总得给人家一个上升渠道吧？
新政第二条：所有官员的收入情况必须公开，所有官员都有义务对巨额财产的来源作出合理的解释，否则视同受贿。所有官员都有纳个人所得税的义务，而且收入越高纳得就越多，逃税和瞒报罪加一等。同时还规定：知府以上官员收受贿赂超过一百银元者，一律撤职，流放海外，知县及知县以下级别的官员可以收贿赂，但不准办事，收了钱之后敢给人家办事的，两罪并发，罪加一等，至于是被扔到海外开荒还是在国内修路，就看情节轻重了。这一条差不多是要了所有官员的命，收入情况公开，这叫他们怎么收受贿赂哦！可以收钱但不准办事……听起来很好，但是收钱不办事的，鬼才给你送钱！
新政第三条：所有官员实行终生制任制，其任内修建的道路、桥梁、水利工程、建筑工程，一旦在四十年之内出了问题，哪怕已经辞职，也抓回来扔海外开荒！如果那家伙挂了怎么办？好办，罚他子女把工程款补上，罚到他们倾家荡产！人死债烂这招在新朝是行不通的，有勇气胡来就有得勇气承受帝国的铁拳！
这一条比起财产公开来更让官员们欲哭无泪。
然后就是教育方面的改革。中国的教育水平放在全世界都算比较高的：京师有太学院，相当于全国最高学府了，地方有宗族开办的私塾，卫所有卫学，比较发达的地区官府还会兴办官学，虽说文盲率仍然是很高，但是大明能读会写的人比欧洲一个国家的总人口还高却是不争的事实。除此之外，还有一系列的优待，秀才见地方官不用下跪，中举之后不用纳税，每年还有钱优抚银发，大明的读书人待遇之高，着实让人羡慕。但如此厚待读书人，也没有出多少人才，反倒出了一堆坑爹货，只能说是教育本身出了问题。当然，并不是说科举不行，隋唐实行的也是科举制度，不拘一格招揽人才，打造出一个梦幻般的盛世王朝，而宋明同样也是科举，为什么不越弄越糟糕呢？原因是学的东西不一样，考的东西也不一样。随唐的教育属于精英教育，科举的时候天文、地理、数学、水利、军事……无所不包，长年浸淫于这些领域，最后脱颖而出，侪身于朝堂之上的，无一不是精英中的精英，因此当时大唐的科技人才和科研成果各占全世界百分之六十，这个比例，着实是夸张得很。而到了宋朝就变成了死记硬背的填鸭式教育，不用去学那些让人伤透脑筋的东西，只要把儒家经典背个滚瓜烂熟，就有机会中举，明朝的八股文更是将这种糟糕透顶的教育推向高潮。在这种坑爹的制度之下，读书人的世界里只剩下朝廷指定的几本儒家经典，秦汉隋唐赖以强盛的科学学问被打成杂学甚至是极技淫巧之术，一个读书人去学这些东西肯定会被嘲笑的。这种教育的直接后果就是科举选取的都是一帮只会背之乎者也和窝里斗的榆木脑袋，靠这么一帮人治国，不出问题才叫有鬼！