不过日军大本营方面的这个想法并不被中国战场上的部队所认可，因为中国派遣军总司令部从上到下都认为，直接在战场上活动、观察的指挥人员与其统帅机关一直在平静的办公室里从电话、电报、文件、地图上掌握情况的决策人员，在感受上总是不一样。
中国派遣军总司令部认为，经5个多月的作战，从国民党军队在战场上所遭受到的损失和当前指挥状况等方面看，这个部队已是一支弱军，应利用这一时机继续进攻，以消灭其有生力量，毁坏其积存的战略物资、控制其主要交通线，占领其衣、食之源的广大农产区。
这样美军如在中国东部沿海登陆，日军则可减少后顾之优，集中力量与登陆的美军决战，而避免遭到中、美两军在战略上的东西夹击。
中国派遣军总司令部还认为，美军一旦在中国登陆，由于地域广大，地形复杂，不同于太平洋上特定的、“有限陆地”小岛，易于使美国海、空军发挥集中攻击的优势。
而在大陆上，日本陆军则可在这一广大地区，与美军展开大规模的陆上作战，和牵制美军进攻日本本土。
由于中国派遣军总司令部的充分自信，其大本营未再予以干涉，而继续进攻，直至中、越边境。
但此时，大本营也明白，局势已经朝着他们完全失控的方向发展了，眼下不仅仅是本土遭到美军机群的连续大规模战略轰炸，太平洋战场上的局势椰林日本方面担心不已。
半个月前，美军骑兵第1师顺利攻占了马尼拉，虽然没有彻底的攻克整个菲律宾，但是却将菲律宾最大的城市给打了下来，马来之虎山下奉文此时也成了一只病猫了。
而接近日本本土的硫磺岛守军第109师团、混成第2旅团、战车第26联队等被美军第3、第4、第5陆战师全部歼灭。师团长栗林忠道中将、混成第2旅团长千田贞季少将、战车联队长西竹一中佐等全部战死。
此时美军盖尔少将的第3两栖军，霍奇中将的第24军正准备在冲绳岛登陆。
在这样的情况下日本方面便开始进行本土防御的布置工作了，随后日军大本营下达了本土及附近地区防御作战的部队战斗序列。
根据大本营制定的防御方案，他们将日本本土划分为3个防御地区，即东部区、西部区以及北部区，东部区与西部区的分界线是名古屋以东至津轻海峡，西部区则是名古屋以西至九州之间的范围，而北部区则是包括北海道、南库页岛、千岛群岛等等。
接着大本营又公布了本土防御作战的部队配置，东部区的主要防守力量是第一总军，司令部位于东京。司令官杉山元元帅，参谋长须藤荣之助中将。
该部队下辖：第11方面军（仙台），计：1个军、6个师团、两个旅团；第12方面军（东京），计：6个军、22个师团、13个旅团；第13方面军（名古屋），计：1个军、7个师团、4个旅团（内高炮1个师团，战车1个旅团）。
合计共8个军、35个师团、19个旅团，技术兵种包括高炮、战车各2个师团，另外还有4个战车旅团。
西部区主要是以第2总军为主，司令部位于广岛。司令官畑俊六元帅，参谋长冈崎清三郎中将。
所部下辖：第15方面军（大阪），计：两个军、9个师团、3个旅团；第16方面军（福冈城南二日市）计：3个军、15个师团、11个旅团。合计共5个军，24个师团、14个旅团。
北部区的防御力量主要是以第5方面军为主，司令部位于札幌。司令官樋口季一郎中将，参谋长荻三郎中将。辖：5个师团、两个旅团以及3个要塞守备队。
另外大本营还直辖航空总军，司令部位于东京。司令官河边正三大将，参谋长田副登中将。辖第1航空军（东京），第2航空军（长春）；第5航空军；第6航空军（福冈）。
另外，日军大本营决定将台湾、朝鲜以及留在新不列颠岛、布干维尔、留在加罗林群岛和特鲁克岛上的部队，依次编成第10、第17、第8方面军，和原第31军，均归大本营直辖。