专案组查办褚时健严重违法违纪案件的过程中，得到了中共中央纪律检查委员会、全国最高人民检察院的指导、云南省委的直接领导及有关部门的协助，始终严格遵守反腐败斗争服从和服务于经济工作的总体要求，在保持企业稳定、职工稳定、产品稳定、质量稳定的前提下开展工作。
按照以往的做法，办案要直接找知情人了解情况，而涉及此案的一些知情人，不少是在褚时健身边工作的干部。为了不影响生产，减轻对工厂干部的压力，办案人员能不去厂里尽量不去，先从外围了解。对集团的财务、销售等重要部门的涉案人员，也是有了合格接替人选后才开始审查的。今日的玉溪卷烟厂，机器欢歌，职工欢笑，卷烟飘香，捷报飘飞，一派兴旺发达景象。
1996年，玉溪卷烟厂实现工商税利193亿元；
1997年，玉溪卷烟厂在国家计划减少4万大箱卷烟的情况下，仍然实现工商利税193.5亿元，比上年增长0.5亿元。
同时，通过查办案件，追回、扣押赃款赃物折合人民币2.7亿元，追回账外资金11.1亿多元人民币、2500多万美元，审计后为国家追缴税费1.7亿多元人民币。