由于南书房非崇班贵檩、上所亲信者不得入，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房权势日崇。
南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权。
而皇阿玛，比起皇玛法的手段，更是青出于蓝，皇阿玛创立军机处。
并把它和奏折制度相结合，即以朱批谕旨答复臣下奏折，召见军机大臣授以政事机宜，天下庶务总归他一人处理。
所有这些人军机大臣都是兼职，他们的升转仍在原衙门进行。
因此，军机处设立之初，没有专门的官员。
军机处没有正式衙署，有值班房，在隆宗门内，靠近皇阿玛寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事。
无专官，无衙署，就使军机处成为一种特殊的机构。
没有专关和衙署的机构，就像一团空气，叫他如何去拿捏？
而军机处的成员由内阁中选派，也就是皇阿玛选拔了几个重要亲信，担任机要工作。
从此内阁无权参预国家大事，形同虚设。
尽管内阁大学士是最高官吏，如不兼军机大臣，就无实权。
议政王大臣也不讨论国家大事了，于是取消了，实权集中到了军机大臣身上。
军机处的建立使皇权得到高度的集中和有效的使用，其次，军机处的建立，标志着中国封建君主极权专制已发展到了顶峰。
军机处架空了议政处，也夺走了内阁的权力，但军机大臣的权力也有限。