重新被封印的混沌之氣在數萬年內都不可能在有所外露，而尚德，元通兩位神尊為了修復實力便一起前往天外天閉關，估計萬年間也不可能再回來了。
祁珹是抓住了這個機會，他以仙人教準備趁著昱靈神尊隕滅，萬物教群龍無首之際要將萬物教澆滅的消息來讓萬物教門人各個人心惶惶，最終全部加入其麾下，自願幫其推翻天界，而這之後，祁珹又召集了一大批對仙人教和天界統治不滿的勢力，加上原本在天界自己安插的那些心腹，這多方的配合之下，祁珹終於發了對天界，對天帝刑昊的討伐。
這場戰爭便是第二次的聖戰，而結果則是祁珹成功將天帝刑昊斬殺，並且還讓昊麟主動放棄太子之位，將其囚禁起來，他自己則是在眾多勢力擁護之下，坐上了新天帝的寶座。
在成為新天帝後，祁珹便將祖鳳擄到天上，他如同當初刑昊取祖麟一般，為祖鳳辦了一場盛大的天婚，但很可惜，祖鳳性情剛烈，對於祁珹所做的一切，她在知曉真相後便只有鄙視和憎惡，沒有一點點的愛，最後更是為了逃脫祁珹的控制，選擇自隕，死於斬仙台之上。
祖鳳身亡，祁珹大受打擊，精神也是變得不太正常，對於天帝的職責也是近乎不予理會，這使得原本昊麟太子的一些舊部找准機會，趁機煽動天界諸神，準備廢掉祁珹，但讓人萬萬沒想到的是，眾仙的廢除計劃還沒有提上日程，祁珹卻是先一步選擇自隕斬仙台，魂魄進入輪迴之境了。
祁珹死後，原本昊麟太子的陪讀白修衍便力排眾議接任了天帝的位置，他也是至今一直在位的第三任天帝。
至於為什麼不是昊麟太子接任祁珹的位置，是因為在祖鳳死後不久，昊麟太子也神秘神隕了，所以整個天界之中能接任天帝位置的便只剩下白修衍一人了。
而神隕步入輪迴的祁珹，他的魂魄在轉世之時卻是不完全的，因為他在自隕前曾為了復活祖鳳，多次用自己的魂魄來修復祖鳳的肉身，最終卻是沒有成功，而是觸發了祖鳳肉身的涅槃機制。
彼時的祖鳳魂魄在已不在肉身之中，而其肉身涅槃，化成一枚鳳凰蛋，只是這枚蛋內沒有祖鳳的魂魄，有的卻是祁珹的部分魂魄。
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