侍卫拖着麻袋走到船边，奋力朝江中抛去，咕咚两声，麻袋沉入了江底。
船上诸人目不转睛地盯着滔滔江水，唯独王舒偷眼瞟向长江岸边。雾气昭昭中，依稀可见两个人影正弃船上了岸，向着远方渐行渐远。
往后，我琅邪王氏再没有王含、王应这两个人了……
与此同时，江州刺史王彬也收到王应的求助信，他火速乘船迎接，但求保住同族的性命。可他再也没有见过二人。
史书记载，钱凤和沈充的人头都被当成价值连城的宝物送往建邺，可王含和王应则被王舒沉入长江，从此死无对证。
战后，王敦的舅舅羊鉴也投降了朝廷。
司马绍召羊鉴询问：“王敦临死前都说了些什么？”
羊鉴将王敦的遗言一一交代：“……他叮嘱王应回江州，不要再跟朝廷为敌。”
“就这些？”
“就、就这些。”
实事求是地讲，王敦是个犯上的权臣不假，但他自始至终并没给人落下谋朝篡位的口实，其死前遗言更印证了这一点。甚至，他上次以“清君侧”为名发兵建邺，还颇得人心。然而，司马睿正因为咽不下这口恶气才忧愤而死，司马绍与王敦可谓有不共戴天之仇。
“就这些可不行啊……”司马绍目光冷若寒霜，死死盯着羊鉴的眼睛，“羊鉴，你活了这么一大把年纪，怎么还这么不明事理？朕之所以讨伐王敦，是因为王敦他想谋朝篡位……”突然，啪的一声响，司马绍的手重重拍在案几上，口中咆哮道：“你到底懂不懂！”
羊鉴吓得几乎瘫在地上。
陛下这话什么意思？他想了半天，终于想明白了：“臣愚钝，臣差点忘了。王敦还说，等他一死就让王应登基称帝，还要自行设立朝廷，任命官员……”
司马绍的脸色这才渐渐缓和下来：“这就对了嘛，王敦果然是个十恶不赦的叛臣贼子！”
几天后，王敦的尸体被挖出来，重新摆成跪着的姿势被砍下首级。他的头与钱凤、沈充的头一起悬挂在朱雀桥南示众。
司马绍看着三颗头颅，心潮澎湃，可同时又不免带着一丝遗憾。
可惜啊，没有王含和王应的头。他琅邪王氏可真有主意……
人情世故
战后，司马绍给那些功臣一一授予爵位。
位列所有功臣之首者，绝对让人意想不到。司徒王导受赐食邑三千户，封公爵（始兴郡公）。这位挂名最高统帅、暗藏小心思的琅邪王氏宗主在战争中不仅没出力，更将军事机密泄露给了王含，然而，由于大批王氏成员官居要职，以及数不清的江东士族为其撑腰，王导依旧稳居东晋第二大股东席位。
排在第二梯队的是温峤、庾亮、刘遐、苏峻、卞壸，食邑各一千八百户，爵位也都是公爵（五等爵依次为公、侯、伯、子、男）。
排在第三梯队的是郗鉴、应詹、赵胤，卞敦，食邑各一千六百户，爵位是次一等的侯爵。补充一句，中领军纪瞻不在主要功臣之列，他没过多久即病逝，死后被朝廷追赠子爵。
刘遐和苏峻在战争中起了决定性作用，但若没有郗鉴，二人都不可能南下勤王。按理说郗鉴功不可没，但他却排到刘遐、苏峻之后。显然，司马绍不希望流民帅再唯郗鉴马首是瞻。另外，我们可以看出，司马绍最不敢惹的还是王导，而司马绍最仰仗的则是温峤和庾亮。
郗鉴暗自庆幸：自己当初推掉卫将军官位是多么正确，若非如此，现在肯定会让司马绍、庾亮觉得碍眼。
接着，司马绍提议罢黜王敦所有的僚属。这打击面很大，一棍子下去少说得有几百号名士沦为庶民。
温峤觉得不妥。仗一打完就该收揽人心，哪有把人赶尽杀绝的道理？他上疏道：“王敦掌权时人人自危，连朝廷都拿他没办法。诸如陆玩、羊曼、刘胤、蔡谟、郭璞等人都是迫于无奈做了王敦僚属。臣觉得应该从宽处理他们。”
郗鉴死抱司马绍大腿，他反驳道：“王敦僚属虽多被逼迫，但他们没辞官逊位就是违背操守，必须加以责罚。”
结果朝廷力挺温峤，没人搭理郗鉴，司马绍不得不采纳温峤的建议。不言而喻，温峤简简单单一句话卖了无数人情。而郗鉴毕竟跟流民帅混太久，在那帮泥腿子堆里他是智囊，可跟温峤这种老江湖一比还是嫩了。
郗鉴意识到自己犯了傻，态度马上来了个一百八十度大转弯，又上疏道：“钱凤老母年过八十，不宜株连，还望陛下开恩。”钱氏在吴郡很有势力，郗鉴后知后觉地卖了钱氏一个人情。
通过这事，郗鉴明白一个道理，要想在朝廷立足，就不能在司马绍这一棵树上吊死，还得跟士族搞好关系，而实力最强的士族自然非琅邪王氏莫属。
这段日子，琅邪王氏成员个个抬不起头。王敦的头颅像耻辱柱一样戳在朱雀桥南，没有皇帝的诏令，谁都不敢去收葬。
郗鉴上疏求情：“俗话说，王法加于上，私义行于下。臣认为应该允许王敦的家人把他安葬，这样做也符合道义。”
司马绍应允。郗鉴由此迈出与琅邪王氏缓和关系的第一步。
重新布局
王敦死后过去两个多月，司马绍开始着手规划朝廷及地方的权力架构。
司徒王导晋升太保，赐剑履上殿、入朝不趋、赞拜不名。在史书中，我们经常能看到皇帝授予个别重臣（权臣）剑履上殿、入朝不趋、赞拜不名的荣誉，其实，这对皇帝和权臣来说都是一场赌博。通常情况下，皇帝忌惮谁，就有可能会把这份殊礼赐给谁。如果臣子没接受，等于向皇帝表白自己没有非分之想，其低调的态度可以让皇帝放心，赢得同僚好感，但也会失去更上一层楼的机会。如果臣子接受，则分两种情况：其一，臣子实力不济，这会招致所有人的仇视，搞不好很快就会被人灭掉；其二，臣子实力足够强大，其声望也会随着这份殊礼提升一个新的台阶，而这台阶，正是从权臣到皇帝的必经之路。
王导是个明白人，他从始至终也没有过篡位的想法，所谓太保、剑履上殿、入朝不趋、赞拜不名就是烫手的山芋。他不敢接受，依旧维持司徒官位不变，同时仍兼任扬州刺史。
丹阳尹温峤和尚书令郗鉴的官职也没变，他们一个负责京畿郡政务，一个负责尚书台政务。不过，郗鉴麾下那些流民军让司马绍有点头疼，若强行遣散，郗鉴肯定不答应，可让一个文职官员带兵，又有碍观瞻。于是，司马绍给郗鉴加了个前将军的武职，手里有点兵也算名正言顺了。
司马绍的小舅子庾亮任中护军，负责皇宫外围禁军。这位外戚乃是所有功臣中最得势的人。
《太平御览》中记载了一桩逸事。
一次，司马绍给庾亮写了封信函，却误打误撞送给了王导。
王导拆开一看，才发现信不是写给自己的，信的末尾更是特别写明——“这事别让王导知道。”
王导心里五味杂陈，最终，他以自己特有的幽默手段化解了这件尴尬事。他给司马绍回了一封信，写道：“臣拜读陛下信函，好像不是写给臣的。臣将信封好，臣什么都没看见（伏读明诏，似不在臣，臣开臣闭，无有见者）。”
事后，司马绍觉得不好意思，一连几天都不见王导。
江东名士陆晔任中领军，负责皇宫内禁军。不过，陆晔基本上继承了上任中领军纪瞻只挂名不带兵的传统。在东晋前期，中领军麾下共有左卫将军、右卫将军、骁骑将军、前军将军、左军将军、右军将军、后军将军这七营禁军，而绝大部分禁军，都集中在左卫将军和右卫将军手里。此时，这两个实权禁军将领即是左卫将军司马宗和右卫将军虞胤。司马宗是老实巴交的司马亮的儿子，也就是司马绍的堂叔爷。虞胤是司马睿正室虞氏的弟弟，虽然跟司马绍无血亲，但从法理层面司马绍得管他叫舅舅。正如司马绍之前所说，他懂得利用那些豪门士族，却永远不会对这些人真正信任，等战事一结束，他就把皇宫内禁军都拨给了两位皇亲国戚。
朝廷里大体如此，接下来是地方势力。不用想也知道，两个琅邪王氏藩镇大员——江州刺史王彬和荆州刺史兼荆州都督王舒，谁都跑不了。
王彬被调任光禄勋（九卿之一）。他在江州只有政权没兵权，自然不敢跟司马绍来硬的，只好老老实实去了建邺。
王舒被调任广州刺史。广州是不毛之地，这基本上跟发配流放没两样。从这里可以证明，倘若司马绍相信王舒杀了王含、王应父子，断不会把王舒贬得这么厉害。不过，王舒仗着手握荆州兵权，死活不应召。王导左右斡旋，最后说服司马绍让王舒转任湘州刺史。王舒这才赴任。从这哥俩的待遇可以看出，手里有兵腰杆就是硬气。