短短二十天內，這已是宋慈第三次身陷囹圄了。
第一次他被關進了提刑司大獄，安然無事；第二次他被關進了司理獄，戴了一整天的重枷；這一次他仍是被投入了司理獄，卻不再像前兩次那般輕鬆。入獄的當天，他便被韋應奎以審問為由，押去了刑房。等他重新被押回牢獄時，身上的青衿服多處開裂，一道道帶血的鞭痕觸目驚心。
劉克莊和辛鐵柱也被抓進了司理獄，兩人被關押的牢獄離刑房不遠，都目睹了宋慈出入刑房的全過程。眼見宋慈被鞭打得滿身傷痕，劉克莊抓著牢門，沖韋應奎破口大罵。韋應奎一臉得意地冷笑，指使獄卒將劉克莊拽出牢獄，拖入刑房，同樣打了一頓鞭子。他對宋慈和劉克莊恨入骨髓，如今這兩人總算落入他的手中，當然要好好地折磨一番，方解心頭之恨。趙師睪打過招呼，韓太師留這些人有用，不能傷及性命。韋應奎牢記在心，沒有動用大刑，只拿鞭子鞭打。
司理獄中牢房眾多，不只關押了宋慈、劉克莊和辛鐵柱，此前被捕的歐陽嚴語、祁駝子和道濟禪師等人也被關在這裡，此外還有更早入獄的葉籟，以及被宋慈治罪下獄的韓㣉。韓㣉雖因殺人入獄，每日卻被好吃好喝地伺候著，有獄卒專門打掃他的那間牢獄，還擺放了桌子和被褥供他起居，他在這地牢之中可謂是賓至如歸。即便如此，他仍是滿心憤恨，對出入的獄卒動輒破口大罵，時刻把宋慈的名字掛在嘴邊，每天都會咒罵上好幾十遍。如今見宋慈、劉克莊和辛鐵柱都被關了進來，他大笑起來：「你們幾個驢球的，是怕本公子寂寞，一個個地進來作陪？」宋慈被關押的牢獄與他相鄰，他對宋慈極盡冷嘲熱諷，吃飯之時拿著酒肉招搖，貼近宋慈的牢獄大吃大喝。自打宋慈等人被關入司理獄，韓㣉反倒沒之前那麼怨恨了，時不時便放聲大笑，就連對待獄卒的態度都好轉了不少。
宋慈對韓㣉卻不予理睬，無論多麼難聽的譏諷和辱罵，他都是置若罔聞，甚至很少向韓㣉看上一眼。劉克莊被關押得稍遠一些，但韓㣉嗓門大，辱罵宋慈的話，劉克莊聽得一清二楚。宋慈對韓㣉置之不理，劉克莊卻是忍不了，一聽韓㣉開罵，立刻反唇相譏。韓㣉起初兩天對著宋慈譏諷辱罵，到後面覺得宋慈跟木頭似的，罵得再多再狠，全無反應，實在無趣得很，便轉而與劉克莊隔空對罵。劉克莊遍身都是被鞭打的傷痕，獄中吃食也跟糟糠一般難以下咽，只被關了幾天，便渾身提不起力氣，但他罵起韓㣉來卻是精神百倍，毫不示弱，有時葉籟也會幫腔幾句，辛鐵柱則是躺在牢獄裡默不作聲。每次隔空對罵，都以劉克莊被韋應奎抓去刑房，挨上一頓鞭打收場。但他回到牢獄後，只要稍稍緩過了疼痛，依舊與韓㣉對罵不止。
宋慈身在牢獄之中，大多時候都靜靜地坐著，睏倦之時便倒頭睡覺，很少開口說話。只有被押入刑房面對韋應奎時，他才會開口相勸，希望韋應奎身為司理參軍，能仔細查驗屍體，多加查訪線索，早日抓到殺害韓絮的真兇。韋應奎只覺得好笑，說他這就是在追查真兇，每日都會鞭打宋慈，逼宋慈承認殺害韓絮的事實。每當此時，宋慈便不覺想起父親。當年宋鞏也曾身受誣陷，被關押在這司理獄中，時任司理參軍的郭守業同樣不去查案，只顧嚴刑逼迫宋鞏認罪。想不到十五年過去了，司理參軍早已換了人，當年父親遭受的一切，竟還會在他的身上重演。他不肯屈從，哪怕每天身上的舊傷痕還未結痂，便又添加新傷痕。
宋慈在司理獄中一關便是整整半個月。在此期間，除了韋應奎和獄卒外，只有夏震來見過宋慈一次。當時夏震獨自等在刑房，當宋慈被押進來後，夏震只問了宋慈一句「肯不肯把東西交出來」。宋慈說東西不在他那裡，夏震也不多言，轉身便離開了。此外沒有任何人來見過宋慈，甚至沒有任何官員來提審過他。至於劉克莊、辛鐵柱和歐陽嚴語等人，明明是以謀刺太師的罪名被關押進來的，卻同樣不見官員前來提審，劉克莊和辛鐵柱還會時不時地被拉去刑房受那鞭刑。宋慈知道韓侂胄這麼做，無非是想拿這些人的生死來逼他就範，要他自行交出蟲達留下的證據。可他根本就沒有這個證據，如何交得出去？