因他與于成龍對立，牽扯出許多風波，不過他要的，是真正能治理河道的人，所以他把二人都召入宮中。
分別詢問他們關於治河之事細則，靳輔對答如流，對河道過往的歷史，如今的現狀都了解得一清二楚。
反觀于成龍，康熙問他：「減水壩會堵塞嗎？用塞減水壩之法開海口，河堤能保證不沖潰決口嗎？」
他回答的卻不甚明了，「不能保其不決。臣對上游的實際情況並未明曉，焉敢妄對。」
雖然誠實，但語焉不詳，康熙並不滿意。
「你曾言崔維雅治河之論可行，果真可行嗎？」
「崔維雅之論可行，但只是聽大家說的，臣實際上也不是特別清楚。」
康熙皺眉，崔維雅所寫的治河之道他親自看過，還找了不少大臣細細研究過，其中多有弊端，不符合實際，並不可行，可見于成龍並不是十分洞悉河務。
不過靳輔屯田之罪屬實，不能不罰。
他正為此事為難，太子恰好在旁邊。
「保成，靳輔有功也有過，事情你也都了解，你說說，朕是該讓他官復原職，繼續管理河務。還是該革了他的職，就此不再復用，以儆效尤，你說說你的想法。」
太子有些猶豫。
「你就大膽地說，這裡就咱們父子二人，說得好與不好，朕都不會責怪於你。」
「那兒臣就斗膽一回了。」
太子襯度片刻，才謹慎開口：「兒臣以為靳輔此人於治河一道確有實才，且經驗豐富，事關下游疏浚與否，他只是有自己的觀點，下河海口高出內地五尺，疏海口會引發潮水內浸，此前他上的奏摺兒臣也看過，他是想另外築堤，將河水引入海，水泄之後，堤內涸出的土地，丈量以後，再歸還給百姓。」
「兒臣命人去調查過，實際這裡面的田地，有許多是富戶的隱田，並非百姓所有，也正是因為靳輔的提議觸及下游富戶的利益，才會引發後面對他的群起攻訐。」
康熙皺眉，這些他倒是不知。
「靳輔雖有錯，但功過相抵，經過此次，往後他也不敢再犯，兒臣以為應當在其原職上，降兩級，讓靳輔戴罪立功。」
當時康熙並未表示是否按照太子所說處置靳輔，不過不久後，漕運再度堵塞，同時中河雖大致已經竣工，但仍有些地方需要改進。
情急之下，康熙最終還是按照太子所言，讓靳輔官復原職，繼續管理河務，不過卻降了他兩級職銜，河道總督是正二品，康熙是按照正三品的待遇給他。
靳輔離京上任之前，在乾清宮正好碰見了來給康熙請安的太子，在廊下，他行了完整的一套跪拜大禮。
太子站著，心安理得受了他的禮。
「臣該如何報答太子大恩？」