在垒城左边战墙后部署赵氏友军的200名弓箭手，右边战墙由赵德胜指挥郭英的200名弩箭手，均为两排，轮番进行阻击。另外安排双方100个长矛兵和100个手刀兵在瓦梁垒下层待命。
垒城战墙的弓弩手从两侧对借助云梯攻城的元兵构成巨大威胁，因而成为元军首先攻击、消灭的对象。朱元璋的策略是：当元军冲近战墙，就撤回弓弩手，由长矛兵迎战，手刀兵配合。如果元军攻破战墙，部队就撤回垒城，由对岸战墙的弓箭手射杀。郭兴、郭英其余的弓弩手和步兵待在垒城后面作为伤亡减员的替补。
六合主城的防守，朱元璋安排友军2000人防守北门。部署耿再成2000人、费聚2000人分别防守西门及瓦梁垒西城。华云龙、张赫2000兵马防守有壕沟浮桥的南门。南门和西门是退路，必须确保。
吴良、吴祯各领1000兵马，隐蔽在城西南约10里处驿道边的山涧两旁，作为六合失守、撤退时的接应。
吴良，生一张佛手瓜脸，下巴略尖。长一对伏狮眉——弯曲肥大，粗中带浊，浊中带清，形如伏狮。眉下嵌一双雁眼。印堂宽度适中，下挺一只君子鼻——梁高不露骨，山根宽而有势；年寿挺拔，准头圆而有收；兰台、廷尉适宜。
其唇上蓄长须，下颌一溜较硬的络腮胡，直达耳根。
古代面相学认为：伏狮眉主使性情温和，文武双全。若配雁眼，必遇有力
贵人，终身少凶险之事，富贵双全，妻贤子贵，三代有德。君子鼻者为人正直，见强不怕，见弱不欺，少年得志，中年大发，富贵双全。
朱元璋刚刚部署完毕，探马赤军已经到达六合城东。其元帅看见瓦梁垒是个不足50米的小城，垒墙也不长，以为好攻，就没有安排一些部队从离城较远的上游浅水地段渡河到北面包围，全部在城东平原安营扎寨，准备次日直接攻下瓦梁东城，再围攻主城。
第二天上午，元军发起进攻，先按照他们攻城的惯例，向垒墙区发射乱箭。不少箭落进滁河。赵德胜第一次遇上这种进攻方式，缺乏经验，加上身材高大，结果被一支乱箭击中，伤势较重。朱元璋得知后，马上调华云龙接替他指挥垒墙部队。
发过乱箭，元军两大方阵步兵分左右冲向垒墙。
红军的弓弩手射杀了前面好几排元兵，后面的元军像潮水一般继续推进，最终靠近了战墙。红军长矛兵、手刀兵借助垒墙与元军拼杀。一排排元兵倒在战墙前，形成了斜坡，后面的元兵就踩着尸体往上冲。双方展开了殊死搏斗。
战斗持续到黄昏，垒墙几乎被攻破。由于天黑了，元军鸣锣收兵，丢下2000多具尸体。当晚，红军打扫战场。朱元璋视察后，下令连夜用黄泥为浆把坍塌的砖墙垒好，以便继续依托垒墙战斗，减少伤亡。
接连鏖战三天，白日垒墙垮了，夜晚又被修复。元军伤亡5000多人，守垒红军伤亡了1000余人。但是元军还有4万4千多，没有撤退的迹象。
朱元璋觉得这样死守硬拼不是办法，必须想个计策退敌。于是下令垒墙的将士全部撤进垒城，把小门封死。
第四天早晨，元军元帅发现战墙、垒城内不见一个人影，战场也未打扫，以为红军胆怯退缩了，就推出10部云梯接近城墙，准备登城。突然，瓦梁垒城门突然打开，走出三个肥壮的中年妇女，站在3米高的城门口，指着元军高声大骂。元军官兵莫名其妙，不敢逼近攻城。
这时，朱元璋携郭兴、郭英、带领人马列队两行已经走出主城东门，绕过城墙东南角，踏上南门浮桥，跨过滁河后跑步向滁州方向撤退。华云龙、张赫的部队也列队两行走出南门，尾随其后。
滁河由西向东，流过六合城南面就右拐南下流向长江。城东的滁河支流和干流把元军拦在了河东。
元军元帅隔河望见后，恍然大悟，以为守城主力弃城逃跑，马上命令前锋镇抚带他的数千人马拾级而上，穿过瓦梁城中桥，绕过主城东南角，通过浮桥过河追杀。
张赫率部殿后抵挡了一阵，接着按照计划抛弃一些刀枪拼命奔跑。元军追到城西南十里的驿道处，吴良、吴祯引领两千伏兵突然从山涧杀出，打了官兵一个措手不及。
而耿再成、费聚带领4000人马按照朱元璋的计策早已从西门出来尾随元军。此时此刻，乘机冲杀过去。
镇抚耿再成头戴黑色雷巾，穿一件深灰宽松斜襟窄袖短袍，裹一张中灰麻织捍腰；加围一条浅灰袍肚式宽松多褶软绸裙，裙腰绣有蓝色水波花纹边；外系一条黑色软丝带，双头过膝；脚蹬一双乌皮靴。左腰挂一把中制剑。
他一马当先，挥舞着柄长7尺的战斧左劈右砸，杀得元军落花流水。
长柄战斧具有劈、砸、搂、扫等功能，虽然比较笨重，但是一斧头下去，无论多么坚硬的头盔铠甲都会四分五裂，皮开肉绽，是古代战场上威力最大的劈杀型冷兵器。有时，耿再成挥斧一扫，一下就干掉三、四人。
元军突然遭到前后夹击，且寡不敌众，惊慌失措，丢下1000多具尸体和一些马匹，落荒而逃。按照计划，红军也不追杀。元军万户见无追兵，惊魂方定，带领败军沿河边走到六合城南面12公里地的瓜埠村，看见渡口才得以渡过滁河回到大营。
朱元璋返回六合城后，担心元军失败后会渡河实施包围，那时再想出城就非常困难了。他一夜难眠，左思右想，终于想出一个退兵之计。
第二天，朱元璋命人杀了一头牛，准备了十坛好酒，聚集了元军丢弃的马匹。第三天上午，派遣城中的几十个父老百姓将这些物品、军马送到元军大营。
并请为首的老人转告元军统帅说：“城主老病不任行，谨遣我犒军。城中皆为良民。所以结聚守城，备他盗贼耳！将军以兵欲杀戮之，民欲求生，不得不拒也。望将军幸（敬词）抚存（抚慰救济）之，惟军需是供。今高邮巨寇未灭，非并力不可，奈何舍寇，分兵攻我良民乎？”
由于自始至终和元军交战的部队都是穿着百姓杂七杂八的服装，探马赤军的元帅相信了老人的话，对他们说道：“尔等若非良民，岂肯还马？”
就在这一天午饭后，下令撤军。
蒙古军和探马赤军对马非常重视。至正十四年（1354年）三月，元顺帝为了北方军用，专门下诏向民间买马，凡是有马十匹的人家，必须卖两匹，“每匹给钞一十锭”。
元“锭”由元朝用碎银始铸，故名元宝，一锭50两。为了便于携带，后印制纸钞“锭”替代。
元军从六合撤兵后，朱元璋命令几个千夫长带兵分头下乡购买了一些粮食，然后凯旋而归。
这次保卫六合城，千夫长郭英、吴祯、张赫均有战功，朱元璋报请郭元帅批准，晋升他们为镇抚，成为将军。
六合暂时安然无恙，朱元璋留下费聚带领三千兵马，与友军协防六合，镇守滁州这个东面门户。
朱元璋取得六合保卫战胜利，使郭子兴既感到意外，又兴奋异常，打心眼里佩服这个义子。接着开始头脑发热，要在滁州称王。
朱元璋劝道：“滁州山城也，舟楫不通，商贾不集，无形胜可据，不足居也。若称王，树大招风，必引元寇围剿。”
郭帅听了，觉得有理，默不作声。此事也就搁置。
元廷枢密院知院额森特穆尔是右丞相托克托的弟弟，1351年因托克托提请，由御史大夫（从一品）调任枢密院知院（从一品），掌管军机要务。
1354年十二月，他因病请假在家休息，好多天没有上朝。
于是，御史中丞（正二品）袁赛音布哈等人仰承哈玛尔的意旨，乘机上奏说：“脱脱（托克托）出师三月，略无寸功，倾国家之财以为己用，半（一半）朝廷之官以为自随（随从）。又其弟也先帖木儿（额森特穆尔），庸才鄙器，玷污清台，纲纪之政不修，贪yin之心益著。”提出弹劾。
奏章上了三次，昏庸的元顺帝终于同意，先下诏撤掉额森特穆尔的官职。十二月丁酉日，又下诏削去托克托的全部官爵，安置于河南行省淮安路城。额森特穆尔安置于甘肃行省宁夏府路。
然后，以台哈布哈为河南行省左丞相（从一品），平章政事（从一品）伊阔察尔兼任太尉，舒苏任枢密院知院，三人一起统领军队，总领各处讨伐部队。
哈玛尔先把削除托克托官爵的诏书内容逐个告诉围剿高邮将领的家人，并造谣说：“诏书将达军中，凡不散者，诛杀全族。”并叫这些家属暗中派人快到高邮军中报信。
当时，托克托统军围攻高邮，即将攻破。城中张士诚只剩几千兵员，粮食严重缺乏。眼看胜利在望，攻城将领突然听到家人传话，皇帝下诏解散围城各路军队，尽皆哭泣。
1354年十二月辛亥日，使臣携诏书到达军中。
枢密院参议（正五品）龚伯璲提醒托克托说：“将在外，君命有所不受。且丞相出师时皇上曾授及密旨，今奉此密旨，可以一意讨伐。诏书且勿打开，开则大事难成。”
托克托则说：“天子下诏于吾，而吾不从，是与天子对抗，君臣之义何在？”
接着，他恭听宣诏，然后顿首谢道：“臣至愚，承受天子恩宠荣耀，委以军国重事，昼夜战战兢兢，害怕不能取胜。今日释此重负，是皇上恩深似海。”
宣诏结束后，没有在场的将领不知真情，有的自行解散军队。他们不知各路讨伐部队只是交由伊阔察尔太尉和舒苏知院一同指挥。
当日，托克托拿出兵甲及名马三千，分赐各位将领，希望他们率领所部听从伊阔察尔和舒苏的指挥。他没有考虑调动而来的各路军队各有各的隐情和状况。
其中的客省副使（六品）哈喇台就说：“丞相走了，我等必死他人之手，今日宁可死在丞相之前！”随即拔剑刎颈而死。
托克托听闻后无语泪流。他虽被安置在淮安居住，却不知道被解职的命运注定凶多吉少。
临阵易帅是兵家大忌，并且由两人协同指挥，调度失灵，将领们不知道究竟该听谁的号令。元军阵脚大乱，纷纷作鸟兽散。首先撤走的是西域、西蕃的军队。不久，元朝的蒙古铁甲一军（军马披甲骑兵部队）也撤出了高邮战场。
高邮城中的张士诚发现元军部队纷纷撤走，立刻率领城中仅存的几千名义军奋勇杀出城来，大败剩下的元军。
高邮保住了，讨伐起义军的几十万元军作鸟兽散，六合也相对安全了，滁州也安全了。
这段时间，京师发生大饥荒，并出现瘟疫。民间一些人家易子相食。
元顺帝却在冰封的内苑太液池建造龙船，命内官供奉少监塔斯布哈督察这项工程。
元顺帝自制船样，真船首尾长一百二十尺（约38米），宽二十尺（约6.3米）。
船的前面部分有瓦帘棚、穿廊、两暖阁。后面部分是庑殿楼房。龙船身和殿宇用五彩描金装饰，前有两爪。
龙船完工后，船上使用水手二十四人，一色紫衫，金色荔枝形带，系四带头巾，于两旁下边船沿各执一篙。
当冰面融化后，龙船自后宫撑至前宫山下的海子内，往来游戏。行驶时，其龙首、眼口、爪尾皆能活动。
有了龙船，元顺帝对政事更加懈怠，热衷于游玩宴乐，喜欢宫女三圣努、妙乐努、文殊努等十六人的按摩之舞，名为十六天魔。她们头上的数根辫子散开下垂，戴着象牙佛冠，身披缨络大红销金长短裙，外穿金杂袄、云肩、合袖天衣，系有绶带，各执加巴喇般之器，其中一人执铃杵奏乐。
还有宫女十一人，精制椎形发髻，上勒丝帕。多数着常服，有的穿戴唐帽窄衫。使用龙头管、小鼓、筝、篪、琵琶、笙、胡琴、响板、拍板奏乐。她们由宦官察罕岱布哈管理，遇宫中讚（赞颂）佛活动，必跳按舞、奏乐。宫官中接受秘密告戒的人才能进入这种场所，其他人不得参加。