碇唯说：我怎么会那样对待你呢。怎么会呢？爱莲娜。我有着别的解决方案，你暂且等一下就是。请相信我。
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绫波零和降谷零说了没两句话，被叉走了。说叉可能不太对，因为有一群大人忽然走进来，而碇唯就在其中。降谷零直觉地关注这个女人，并且防备她，顺势躲了起来。绫波零没有躲起来，就好像她本来就该在这里。有人做手势向她一示意，没有动武，绫波零就站了起来，提着蓝色的校服裙，轻飘飘地走向零号机。
剧烈的光就在这个瞬间到来。绫波零登上零号机，然后驾驶室疯了一般地发光，光……像大海一样淹没了这个空间。零号机张开嘴，吃掉了绫波零。如此寻常，如此自然，像花豹捕杀了一头瞪羚一般。
为什么？
为什么？
为什么？
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“这样就行了吗？”
“嗯。”
现在，降谷零再启动零号机时，想要迈步就只需要构思：“我要走路”就够了。在零号机吃下绫波零之后，那百分之六十的基础运算功能就有人为之操劳。
碇唯望着这样血腥又圣洁的景象，心中十分清楚：十四年前，她开始制造绫波零克隆体的时候，她的用途就已经注定了；做零号机内置的运算回路。说有多么深刻的情感，其实说不上。但完全没有感情吗？却也不尽然。五年前宫野艾莲娜被seele借来一同研究，与她同为研究人员，也曾分享过这个秘密。碇唯将自己的部分灵魂寄托在其上，而宫野艾莲娜则在一定程度上负责了绫波零的基因编程，绫波零算是她的半个女儿。所以绫波零，长相和声音将会相似于宫野艾琳娜的第二个女儿，然而灵魂却近似碇唯。
看着自己死去，心情是复杂到难以言说的。她不禁想象：原来当时我自愿与初号机合为一体时，真嗣就是这样看着我死去的。
我好像的确对他太残忍了。
碇唯低下头，余光察觉到降谷零似乎还在阴影中——这就够了。他直视了自己刚刚与之交谈过女孩被seele献祭……他聪明，会思考。会怀疑，会追求自己真正想要的，符合他心意的正直。
我的确不认可人类补完计划，然而真正会出手阻拦的……不会是我。
在这之后，零号机变成了真正意义上的完美机体，然而她的驾驶员却似乎不甚配合。据传eva的驾驶员受到诅咒，至死不会超过十五岁。然而降谷零拒不配合地与seele纠缠许久，鸡飞狗跳地度过了他的十五岁生日。零号机不承认他了。