完成拖延任务的周思董也不敢恋战，在一次战役结束的时候，速速调转方向，组织部队大撤退。很快，血焰军团的主力都撤回了轩辕帝国境内，筑起层层的坚固工事，死守本土。
盖茨气得暴跳如雷，命令联军追击，北上赤道，直取轩辕帝国首都。血焰军团再次不敌，弃达尔文而去，把兵力分散撤往帝国东部的大山，准备打一场持久的游击战。
然而此时，西欧战事再起。承诺支援轩辕帝国的暗魂组织在欧洲扩大占领区，让美国总统里约再也不能只盯着一个目标了。同时，由于新一届的冬季奥运会即将在中国举办，中国呼吁各交战方在二月份到来前必须在世界范围内实现停火。
基于对曾打败美国的中国几千万大军的顾忌，联军也不得不考虑尊重奥运会。尽管督战的盖茨和加里森战意高昂，但是里约勒令他们暂时不要再发动大规模的攻势。
于是战争的攻伐阶段结束，就此陷入了僵持局面，也让血焰军团获得了喘息的时机。开战以来，由于敌我实力悬殊以及一系列的失误，血焰军团遭遇有史以来第一次大败，损失惨重。50万大军被困南极，虽然在危机关头刘也大发虎威，带着宙斯特战队突入敌军重围，撤回了20万人，但另外的30万将士却全部殉国。加上在其他战场的伤亡，轩辕帝国在战争爆发的一个月内战斗力和平民减员高达一百余万。
也正因为这场战争，让周思董重新认识到宙斯特战队这支神勇部队的重要性。是啊，特战队乃血焰军团的前身，也是轩辕帝国的开国功臣，其地位在任何时候都不能忽视的。
美国的“复仇女神计划”暂告一段落。而成为败军之将的刘霸，已被免职，听候发落。在轩辕帝国的一次高层会议上，他突然闯进会议室，负荆请罪，坦言今次帝国蒙损兵折将、首都沦陷之难皆因他而起，他已无颜再留在军中，唯求皇尊依照军规赐其一死，以向在卫国战争中的亡灵谢罪。
整个场面顿时变得异常肃穆。周思董也厉声斥责了刘霸不听军令和贪战而贻误战机之过，并宣称绝对会以军法处置他。
刘也当场排众而出启奏，表示愿以其所立军功为兄赎罪。最后，刘霸遭削职，被下放到帝国西部的大沙漠。
疯子军师由于连带责任，也被降职一级，上将军衔由五星降为四星。疯子军师对此一声不吭，傻笑置之。
此事之后，周思董对血焰军团进行了改编。废除了早就引起他猜疑的刘家军番号，将剩下的几十万刘家军纳入受皇尊直辖的帝国部队，一部分调防国都，其余大部分编为10个军编入帝国的常备军，分驻全国各地。而刘家军原先主要驻地——所谓的“刘氏诸侯国”(东南特区)的军队由皇尊派另外一支军队驻守。刘也被任命为国防部长和血焰军团最高司令，暂替刘霸的职位。此外，帝国境内所有的地方均被剥夺了军权，一切武装力量皆直接受皇尊统调。
由于战败撤退后皇尊的形象开始遭到部分人的怀疑，因此他的军师们决定先重新挽回周思董在国民、军队和教徒心目中的英勇善战、无所不能的神圣形象，为此献了不少计，煞是费了一番功夫。
对部队完成改编后，周思董下令将在交战中损失的沉船捞起拖回，毁坏的武器带回部队修整。全军加紧恢复实力，加强训练，预备再战。