元首府（此时兼梁国公府）为最高权力中枢，因为“府”这一级被元首用了，所以州府并列的行政区域里面取消“府”，“道”下面只有“州”，如东平府和东昌府改为东平州和东昌州，至于登州、青州，本身就是州，只称呼为青州、登州即可，没必要在州后面再加州。不过平常人家的府邸用姓加府，如“卢府”，则不在禁止范围内。
元首府原本下辖六部二处一署，即军机部、政治部、组织部、后勤部、装备部、建设部，参谋处、书记处和廉政公署，后来发现这个划分太简单、太笼统、又有些混乱，跟宋朝等诸多封建朝代的三省六部的划分方法一样糟糕，便决定在对外战争爆发之前先定好编制，分配好人手，不至于出现机构少、杂事多、百姓或士卒跑断腿都找不到合适的部门为自己处理问题的情况，也不希望出现各个部门互相推诿扯皮的情况。从政和六年开始构思和慢慢推行，到政和七年元月，便将新的军政结构编制推行到了卢俊义所有占领的区域。
新的编制下，元首府仍为最高权力中枢，下辖二院四署二处，二院为军务院和政务院，四署为廉政公署、情报总署、宗教事务署、党派事务署，二处为秘书处和侍卫处。
军务院为元首府指挥下的最高军事领导机构，是将赵宋朝廷的兵部和枢密院并轨在一起，军务院的统领称为“首督”，全称是“都督之首”，现由元首卢俊义兼任。
新编制下的军务院辖有总作战部、总参军部、总后勤部、总装备部、总建设部和军校。
总作战部，负责禁卫军、警卫军和民兵的编制、训练和作战，负责所有陆军、水军、海军、炮兵和其他兵种的编制、训练和作战，管理所有级别的军事将领，有卢俊义执掌。总作战部下辖作战部、禁卫部、警卫部、陆军部、水军部、海军部、火器部和军情部。作战部，负责组织实施战略、战役计划，指挥和实施各军种、战区的作战行动，由卢俊义执掌。禁卫部，负责禁卫部队的发展、训练和调度，有赛秦琼王进执掌。警卫部，负责警卫部队的发展、训练和调度，有飞天虎扈成执掌。陆军部，负责所有陆上军队的编制、训练和调度，有大刀关胜、双鞭呼延灼执掌，下辖骑兵司，负责所有骑兵的编制、训练和调度，有豹子头林冲、双枪将董平执掌；弓弩司，负责所有弓弩包括弩炮兵的编制、训练和调度，有花荣、项元镇执掌；长枪司，负责所有长枪兵的编制、训练和调度，由金枪将徐宁执掌。火器部，负责所有火枪和火炮兵的编制、训练和调动，由轰天雷凌振执掌。水军部，由李俊、刘梦龙负责所有河流湖泊上的水师的编制、训练和调动。海军部，由李俊和孙立负责所有海军的编制、训练和调动。情报总署在总作战部内设有一个分支机构，为军情部，由鼓上蚤时迁执掌，负责对敌方军事情报的搜集。很显然，总作战部跟后世的总参谋部类似，但似乎没有参谋们什么事情，乃是因为总作战部类似总决策，参谋却是在总参军部的编制里面。
总参军部，这迥然不同于后世那个总参谋部，像是总参谋部和总政治部的综合体，但远没有后世那么强悍。总参军部里天机先生许贯忠任总参军，神机军师朱武与入云龙公孙胜任副总参军。参军的职责除了参赞军机外，还负责发展复兴党组织和宣传复兴党的思想，还负责审核军功、纠察过错的军法职责。所以总参军部辖有军功部、军法部、组织部和宣传部。军功部，负责审核将士军功，确认将士的军衔和军职擢升幅度，由圣手书生萧让、玉臂匠金大坚执掌；军法部，负责普及宣传军法、审核将士罪过、执行军法、监督军纪和监控劳改，由铁面孔目裴宣、铁臂膊蔡福执掌；组织部，在军中发展复兴党组织和配合军功部、军法部，完成对将士们军衔和军职的擢升；宣传部则由铁笛仙马麟、铁叫子乐执掌，向卢俊义负责，受卢俊义指导，负责军队对内、对外、对民的三重宣传。
总后勤部，由神算子蒋敬执掌，辖有财务部、军粮部、军屯部、军牧部、军服部、军医部、船舶部等，同时还辖有十多个大型物资生产供应的工场。在连级设立军需官来掌管粮饷和其他物资，发放粮饷时，所有士兵都在场，由军需官、参军和连长一起发放。财务部由蒋敬执掌，除了负责军中物资供应费用的统计，还掌管、统计所有粮饷的支入支出，跟政务院财政部密切合作。军粮部负责联系地方政府凑集军粮、牲畜养殖屠杀、炊事等，由扑天雕李应和操刀鬼曹正负责。军屯部负责警卫军和禁卫军的屯田，由陶宗旺的兄长陶宗兴负责。军牧部，负责马匹的采购、喂养、繁殖、治病，由紫髯伯皇甫端、金毛犬段景柱执掌。军服部，负责所有军服、棉被、军旗、帐篷等的设计制造供应，由通臂猿侯健执掌。船舶部，负责江河湖海上的大小船舶的设计制造，由玉幡竿孟康、叶春二人执掌，在密州、登州、海州、楚州等地兴建了多处大型船厂。军医部由神医安道全的弟子夏展执掌，负责宣传健康医疗知识、救治伤兵、防止瘟疫，从连级开始有医疗班之至到师级有野战医院，渐渐地战地医生、护士、医疗器械都开始齐全，不再完全仰仗中医。
总装备部，负责组织领导全军的武器装备建设，由卢俊智执掌。下面设有军事科技部，负责新武器盔甲的设计、攻城防御器械如弩炮的设计制造，由卢俊智执掌；常备部（常规装备部），负责制造供应常规兵器、弓箭、盔甲等，由金钱豹子汤隆执掌；火器部，负责火药、火炮、火枪等诸多热兵器的制造，由轰天雷凌振执掌；军事矿产部，负责开采铁、煤和石油。这个总装备部将后世的总装备部和国防科工委都囊括进去了。
总建设部，辖有城垣部、工事部、营房部、军用交通部，有青眼虎李云和九尾龟陶宗旺负责，辖有浩大的工兵和建筑兵队伍，都是从警卫军中征调的，全面负责所有军民设施的建设，使得卢俊义势力内的每一栋建筑都能为军事目的做出贡献。等于后世总后勤部的一部分部门和国务院里建设部、铁道部、交通部的整合。