一九四一年一月初，德国装备有“福克－武尔夫·康多尔”扫校者注：其标准编号为FW-200C ，二战期间总共生产了276 架。式远程飞机的第四十轰炸机大队第一联队被指派与潜艇进行协同作战，这给潜艇战术的改进提供了新的机会。但现有的这种远程飞机太少，结果每天只能作一两次远达北海峡的侦察飞行。德国总要花相当长的时间，才能同时召唤到几艘潜艇去对付在那里发现的往外开的海上运输队。此外德国飞机导航不够准确也使潜艇的作战大受影响。与此同时，英国护航系统也已度过了力量最弱的阶段，因为德国入侵的威胁解除后，就可从英吉利海峡抽出护航舰只供其他地方的护航之用。而且由于从美国接收了五十艘旧驱逐舰，加之英国、加拿大建造的新式驱潜快艇开始服役，可供执行护航任务的舰艇数量已有增加。英国空军海岸防御司令部的巡逻活动也有显著增加，这就迫使德国潜艇逐渐远离沿岸海域。结果是，一九四一年二、三月份德国潜艇作战远不如一九四○年秋季那样顺利。很快就清楚的是，单个潜艇有效性的不断减弱，实际上并非由于特别漫长的冬季恶劣气候。德国在三个月没有损失一艘潜艇之后，到三月份突然损失了五艘，其中包括三位最出色的潜艇艇长这是U —47号潜艇（普里恩），1941年3 月8 日在攻击OB—293 号运输队时被“黑猫”号驱逐舰击沉；U —99号潜艇（克雷奇默尔）和U—100号潜艇（舍普克），1941年3 月17日在攻击HX一112 号运输队时被“范诺克”号和“瓦尔克”号两艘驱逐舰击沉。在大西洋之战第二阶段中，克雷奇默尔的潜艇击沉了三十七艘船只，共二十四万一千五百二十三登记总吨位。舍普克的潜艇击沉了二十八艘船只，共十四万一千零四十三登记总吨位。普里恩的潜艇击沉了二十二艘船只，共十三万四千九百五十登记总吨位。，这使得潜艇舰队司令明白，再在北海峡附近作战可能无利可图，因此潜艇被迫将其位置大大向西转移。
至此从西洋之战的第二阶段就告一段落。正如下表所示，总起来看，不仅潜艇舰队作战非常成功，而且其他所有参战部队的作战也非常成功，其中包括各处的辅助巡洋舰、在北大西洋和中大西洋的战列舰和巡洋舰以及在英国以西向南至直布罗陀海域上空作战的远程飞机等。以上所有这些部队所取得的战果还须加上下列战果：德国空军和水面轻型舰队对不列颠群岛周围的英国船只的布雷和攻击（击沉了五十四万七千八百八十六登记总吨位的船只），以及意大利在地中海取得的战果（击沉了六万八千五百二十登记总吨位的船只）。
大西洋之战第二阶段同盟国和中立国船只的损失（击沉的船只数和登记总吨位数）
年月德国潜艇击沉的意大利潜艇击沉的辅助巡洋舰击沉的重型水面舰只击沉的远程轰炸机击沉的
1940年7 月38－194,922
1 －67,494
8 月54－283,386 2－13,593 11－61,767
2 －8,973
9 月52－265,737 3－7,669 8－65,386
10月61－344,513 4－15,591 4 －30,539