商博良投身于研究工作中去。巴黎的花花世界与他无缘，他埋头在图书馆里，奔走于科研机构之间，学习了梵语、阿拉伯语和波斯语--德·萨西曾把波斯语称为"东方的意大利语"。总之商博良沉浸在各种东方语言的学习中，他打下了基础知识，就可以了解这些语言在使用中的发展。这时他还写信给哥哥，请他给他弄一本中文语法，说是"为了消遣"。
他学阿拉伯语到达精通的程度，甚至连声音都变了样子。在一次社交场合，有一位阿拉伯人竟把他当作同乡，因而向他行了加额礼。他从书本上取得关于埃及的丰富的知识。著名的非洲旅行家索米尼·德·马涅古尔同这位青年谈话之后赞叹说："我们谈到的一些国家，他了解它们简直像我了解我自己一样清楚！"
又过了一年，他就学会了科普特语，既能说又能写。他说："我经常自己对自己讲科普特语。"他用科普特语写日记，这只是为了练习；谁知这种怪僻的结果竟在40年后酿成了一件有名的笑谈。一位法国科学家看到这些日记，竟把它们当成马库斯·奥列留斯·安托尼努斯时代的埃及古文，并且特地写文章加以论述。这很像德国的白林格教授把孩子们埋的兽骨当成古代化石的笑话，真是无独有偶了。
法国大革命时期商博良处境非常艰窘，如果不是哥哥的大力支援，他险些成为饿殍。他住在卢弗尔一间简陋的小屋里，月租18法郎。但就连这一点钱他都拿不出来；他经常写信向哥哥求援，说他自己已经毫无办法，日子过不下去了。哥哥回信要他削减开支，否则只好典当藏书了。但他的生活开支实在无法再减了，鞋子早已穿破，衬衫也破烂不堪，弄得简直无法在公共场合抛头露面。那年的冬天特别冷，他病卧在潮湿、阴冷的屋子里，从此种下病根，后来终于夺走了他的生命。幸尔有两件小事还算顺利，否则真会精神崩溃了。
祸不单行，皇帝需要增兵，于1808年下令年满16岁的全国男青年一律听候征用，这一来吓坏了商博良。他生来就反对一切强制命令，为了做学问他可以最严格地要求自己，但一看到那些整队前进的士兵他就不寒而栗，因为他认为这些小卒受到的约束把人的个性破坏无余了。当年文克尔曼不是同样经受过参军的威胁吗！因此他给菲济克的信里曾这样诉苦："有时我简直疯了。"
从来对他爱护备至的哥哥这时就挺身而出，设法保护商博良了。他一面求朋友帮忙，一面书面申诉，写的信更是不计其数了。结果使得商博良终于在那战乱的年代还能够继续研究他的古文字。
还有一件事给他精神的寄托，使他有时忘掉被征人伍的威胁，那就是对于罗赛塔碑的研究。在这个问题上他很像谢里曼，因为当年谢里曼有意地推迟对于希腊语的学习，直到通过自学能讲能写欧洲各国语言之后才开始学希腊语。罗赛塔碑之于商博良就和希腊语之于谢里曼一样。这位青年的心一直向往着那篇神秘的碑文，但他却一直犹豫不决，因为他自问要对付这样一个艰巨的任务，本身的条件还不成熟。
但在这时他看到了伦敦新做成的罗赛塔碑的复制品以后，再也控制不住，有些跃跃欲试了。然而他还没有径自着手破译碑文，只是把它和一篇纸草写的古文对比了一下。初步探讨这块黑色石碑以后，他已经能够"自己弄清楚整整一行字母的正确的价值。"他在1808年8月30日给哥哥的信中写道："我把初步收获交你审查。"他非常谦逊地说明了自己使用的方法，但在语气之间可以看出这位年轻的探索者的含蓄的自豪。