商博良再次回到格兰诺勃尔，1809年7月10日受聘为大学历史教授。那一年他才19岁，听他讲课的青年们有不少在两年前还是他在公学里的同窗学友。可以理解，他这样是容易树敌的。果然，不久他就遭到某些比他年长的教授的合伙暗算，这些人的学识不及商博良，又都受过他无意的侮辱。
何况这位年轻的历史教授的思想又是那样古怪！他公开提出，历史研究的最高理想是寻求真理，而他对真理的概念非常独特，即他要寻求绝对真理，而决不是波拿巴王朝或者波旁王朝的统治者所规定的真理。为了达到这个理想，他就要求学术自由，而这时正当是学术界受到各种政治禁令重重限制的时候。他认为历史学家对于权贵应该置之不理。革命初期狂热的群众在屋顶上喊出的自由的口号，现在已经不断地遭到践踏，他却要求把它们维护下去。
这样的政治主张当然使商博良同时下的一批禄蠹之间发生矛盾。尽管不时遭受挫折，但他的信念决不动摇。每逢这样的时刻，他就要向哥哥提到一种想法，这种思想可能是来自伏尔泰《康迪德》，但作为东方学者的商博良感到东方的一本宗教典籍中的表达方式更为合意："开垦你们的田地吧！曾德-阿新斯塔说过：开垦6英亩荒地，强似打24次胜仗。我的意见也是这样。"这时商博良被学院内部的勾心斗角搞得狼狈不堪，情绪颓丧，教授们勾结在一起把商博良的薪金搞掉了四分之一。他写道："我的命运是定下来了。我一定要穷得像古希腊哲学家第欧根尼，要设法买一个大桶栖身，再弄一块麻袋披在身上，这样我才或许有希望靠着雅典人的施舍过活。"
他写过一些讽刺拿破仑的文章。但在拿破仑倒台以后，在1814年4月19日联军开人格兰诺勃尔以后，商博良并不相信会有严明的法制出来代替波拿巴王朝的暴政，并且认为就是将来这种希望也是很渺茫的。
商博良虽然非常关心政治和科学的自由，但他在研究古埃及方面的热情决不稍减。各种问题在分散他的精力，有的是些无关紧要的事，但他还是不断地做出惊人的成绩。他编了一本科普特语词典供自己查阅，同时还写了一些剧本在格兰诺勃尔的几家抄龙演出，其中一部写的是伊英琴尼亚的故事。按照12世纪作家彼得·阿伯拉开创的法国传统，商博良还常写一些政治歌谣，每写出一首便立刻被群众在街头传诵。与此同时，他在继续进行自己的主要工作，即不断深入地探索埃及的奥秘。不管大街上不时传来"皇帝万岁！""国王万岁！"的口号声，他的头脑始终没有离开这项首要的任务。他写了无数篇散文，又为作者制订写作提纲，许多人在创作上找他请教，他是来者不拒的，这些才具乎庸的学生占去他很多精力。这些繁重的负担慢慢地使他心力交瘁。他在1816年12月写过这样的话："那本科普特语词典一天天厚起来，词典的作者却一天天瘦下去。"当他看到词典已经编到1069页而主要工作尚未完成，便喟然长叹了。
随后就是百日复辟，欧洲再一次遭受拿破仑的统治。片刻之间，被迫害者变成了迫害者。统治者变成了被统治者，昌花一现的国王变成了一个难民。商博良激动得什么也于不下去了。"拿破仑要回来了！"人人都在这样说。巴黎各报的态度是寡廉鲜耻，朝秦暮楚。这些报纸上的新闻标题是谎言的典型，它们反映了这种变色龙的性格。一开始，新闻标题有一条是"妖怪出笼了"，继而发展成为"狼妖在堪斯登陆"、"暴君现在里昂"、"篡逆距首都六十小时行程"、"被拿巴全速逼近"、"拿破仑明天将来到巴黎城内"，最后却变成"皇帝陛下驾临枫丹白露"。