“约克城”号沉没(6月7日)
6月4日下午，“约克城”号航空母舰的舰员弃舰后，除留下“休斯”号驱逐舰，负责守卫这艘已倾斜24度但尚稳定的航空母舰外，其他护航舰只均已撤离。5日晨，从“约克城”号左舷传来的机枪声，引起“休斯”号了望哨的注意。派出收容队前去救出2名负伤的水兵，并找到3册仓促离舰时失落的密码本。然而，谁也没有注意到，南云于这天上午从巡洋舰派出2架飞机前来搜索，其中1架已经向上级报告了“约克城”的位置。
中午前后，在帕尔-赫米斯礁海域担任巡逻任务的“捕蝇鸟”号扫雷艇，奉尼米兹之命前去拖带“约克城”号航空母舰。该艇试图以3节航速将“约克城”号拖到珍珠港。然而这条小艇拖带这样的军舰，实在力所难及，直到6日晨，被拖带的“约克城”号还未达到用舵的最低速度。这时，又有5艘驱逐舰赶来支援。6日白天，“哈曼”号驱逐舰靠上“约克城”，把损管队(由“约克城”号的官兵组成)送上该舰。
这一天，损管作业进展很快。“约克城”号的倾斜减少了2度，几个隔舱中的海水也被排除了。“哈曼”号靠在“约克城”号的右舷，以便供给灭火和排水所需的动力。其余驱逐舰在航空母舰周围进行机动，实施防潜警戒。
13时35分，在航空母舰的右舷发现4条鱼雷的航迹，这是“伊-168”号潜艇发射的。该艇5日凌晨炮击中途岛后，又接到如下命令：根据飞机报告的位置，跟踪那艘受伤的航空母舰。经过一天半的搜索，刚刚发现“约克城”号。“哈曼”号无法机动规避，其后部被击中1条鱼雷；只有2条鱼雷从舰底通过，击中航空母舰。“哈曼”号爆炸沉没，因在水线以下爆炸，大部分舰员也同归于尽。有的驱逐舰忙于救生，有的驱逐舰立即追击潜艇。日军潜艇仅被击伤，仍能驶回吴港去修理。
“约克城”号仍然浮在水面。虽然倾斜度小了一些，但是舰体逐渐下沉。6月7日凌晨，该舰向左舷倾覆沉没。
结语
中途岛海战的胜利，主要是情报工作的胜利。企图进行突然袭击的日军，反而遭到突然袭击。加之，日军犯了严重的错误，且为美军指挥官巧妙的加以利用，而美军没有犯什么大的错误。同珊瑚海海战一样，这次海战完全是航空兵实施的。日军没有得到发挥其水面舰艇巨大优势的机会。