盟军开始实施越岛作战以后，日军陷于绝望状态，甚至放弃了以潜艇袭击战斗舰只的企图。可是，此后日本潜艇的使用更不适宜。为了对被围困的守岛部队进行补给，日军统帅部根据陆军的要求把潜艇当做补给船来使用。一些性能很好的潜艇，逐渐被用来担负这种很不适当的任务。当时，盟国部队的战斗活动越来越远离本国基地，而更加接近日军基地。尽管如此，日本潜艇的战斗力不但没有提高，反而每况愈下。第二次世界大战中日本虽然使用了潜艇，可是并不真正了解这种主要兵器的潜在威力，这在古今战史上也是罕见的。
袭击日本护航运输队
当日本潜艇每况愈下时，美国潜艇连连击沉许多日本舰艇。然而，最引人注目的战果还是美国潜艇对日本赖以生存的海上补给线的破坏。对日本来说，海上运输是一个至关重要的问题。因为日本控制的原料产地没有工业，而在工业地区又缺乏资源。日本必须把原料运回本国进行加工，然后再把成品送给海外各地的部队以供战争消耗。在这种情况下，日本的海上运输主要有两条航线。一条是从满洲经由日本海或者黄海，把铁和煤运往日本。另一条更重要的航线是从南洋资源地区，经由台湾和琉球，把物资运回日本本土。只要日本船只能在这两条主要航线上畅行无阻，往返货运就会顺利进行。但在南洋资源地区的作战行动告一段落后，南洋资源补给量迅速减少，南下的日本船只多是装货不足或者空船运行。而在日军把战场扩大到南太平洋以后，就需要有许多船只把物资从日本本土直接运到南太平洋地区。这时，主要航线也有两条：一条从大阪到帛琉；另一条从东京、横滨经小笠原群岛、塞班岛、特鲁克岛至腊包尔，后来又延伸到所罗门群岛。
然而，在南太平洋地区卸载的船只无货可装，只能空船返回日本。日本当局从未用过三角形的航线，即载货的船只从南洋资源地区驶往日本，卸下货物，然后装上军需物资开往南太平洋，卸载后不直接返回日本，而是空船驶往南洋资源地区。若果用这条航线，每艘运输船的空船航程只占其整个航程的三分之一。日本当时实际采用的航线，使每艘运输船的空船航程或仅载有少量货物的航程竟占其整个航程的一半。换句话说，日本所采用的是一个倒V字形航线，而日本本土则位于这条航线的顶点。如果日本采用三角形航线，就会使其在航的船只发挥更大的效用。唯有从巴厘巴板至帛琉、特鲁克和腊包尔的一条辅助航线不是V字形的，日本油船沿这条航线为其前方舰队补给油料。这样一来，美国潜艇就有更多的机会袭击日本的运输船只，使其运输能力减少百分之八至百分之十。
日军袭击珍珠港后未过几个小时，美国当局就下令对日本船只实施无限制的潜艇战。这使那些平素按照国际法训练出来的潜艇艇员们感到大吃一惊，他们认为这是破坏了国际法。回想起来，美国当初参加第一次世界大战的理由，实际上就是反对德国宣布的无限制的潜艇战。如今，华盛顿下达了这一命令，因而美国潜艇的官兵必须重新认识这个问题。这个命令毕竟是符合实际的，因为在现代的总体战中，禁运品和非禁运品已经没有什么明确界限。战时，一国的所有船只都会用来为战争服务。日本的油船和货船装载着石油、铁、锡、橡胶、米和煤等重要战略物资。这些船只与日本的战列舰和航空母舰一样，都是其战争机器的重要组成部分。