如上所述，当奥尔登多夫率领的编队到达苏禄海时，日军突然停止了对民都洛海域舰船的空袭，而去捕捉新的、更大的目标。1月4日下午，驶往仁牙因湾的火力支援编队经过班乃岛以西海域时，日军的1架双引擎轰炸机对“奥马内湾”号护航航空母舰的飞行甲板进行了撞击。该舰顿时烈火熊熊，引起舰内爆炸，舰体断裂，沉入大海。第二天，当这支编队到达马尼拉海域时，16架“神风”特攻机成功地突破了美军的空中掩护，撞击了澳大利亚的“澳大利亚”号重巡洋舰、美国的“路易斯维尔”号重巡洋舰，“马尼拉湾”号护航航空母舰以及护航驱逐舰和炮舰各1艘。此外，还炸伤了附近的另外4艘舰船。看来，为了击退盟军的进攻，“神风”特攻队的突击兵力，经过长期摸索，确实找到了一种切实可行的战法。
1月6日，大型舰只在扫雷舰的引导下，刚一进入仁牙因湾，就连连遭到“神风”特攻机的猛烈袭击。日军的空袭从11时45分开始，一直持续到日落，共击伤舰船11艘，击沉1艘。日机撞击了“新墨西哥”号战列舰，“加利福尼亚”号战列舰，“哥伦比亚”号巡洋舰，3艘驱逐舰，1艘担任运输的驱逐舰，1艘水上飞机供应舰及1艘扫雷舰。“路易斯维尔”号和“澳大利亚”号巡洋舰遭到两次撞击。“朗”号扫雷舰也被撞击两次，后部损伤严重，倾覆沉没。奥尔登多夫的编队离开莱特湾后，由于日机撞击而死亡325人，负伤约300人。尽管如此，打雷作业和对岸上目标的炮击仍按预定计划实施。
如果第3舰队1月4日或5日不在浓雾中坚持对台湾机场进行突击的话，日军对仁牙因湾火力支援编队的袭击定会更加猛烈。第3舰队的空袭使日本飞机不能从北面对吕宋岛实施增援。哈尔西的舰载机计划于6日猛烈轰炸吕宋岛地区的机场，但因天气一直不好，未能对日机场进行全面的压制。7日，根据金凯德的要求，取消了预定对台湾实行的夹击，再次空袭了吕宋岛。这次空袭是由第3舰队的航空母舰舰载机、第7舰队的护航航空母舰舰载机和陆军飞机联合实施的，几乎使吕宋岛的各机场都处于瘫痪状态。这一天，只有少量日机飞抵仁牙因湾上空，而且多被击落。然而，又有2艘扫雷舰分别被炸弹和航空鱼雷击沉。这时，日军决定把凡能从菲律宾撤出的航空兵全部撤走。因此，1月7日以后，日军几乎停止了对盟军有组织的抗击活动，仅有个别日机有时自发地对盟军舰船进行袭击。