第3舰队返回乌利西锚地后，中太平洋部队和西南太平洋部队的进攻路线开始分开。长时间配属给第7舰队的大部分舰只重新归尼米兹指挥，以便向北发动攻势，直指日本本土。与此同时，麦克阿瑟则准备向南进攻，以便收复尚为日军占领的菲律宾所属岛屿，攻占荷属东印度群岛。
解放菲律宾
当第1军在仁牙因湾东北的丘陵地带牵制住山下奉文所属部队的时候，第14军便向马尼拉推进。1945年1月29日，第7两栖作战编队在吕宋岛西海岸的苏比克湾附近遣送约3,0000登陆兵上岸，而且也未遭到什么抵抗。这部分登陆兵上岸后，既可以阻止日军撤至巴丹半岛，又可以保障友军从北面攻入马尼拉。两天后，又有8000名美军在马尼拉湾南部登陆，以便从西南方向攻入马尼拉。第14军从北面发起的最后突击，在海军陆战队两个飞行大队的支援下进展迅速。航空兵对地面部队成功地进行了直接航空火力支援，从而消除了陆军指挥官的疑虑。2月4日，第14军已经进至马尼拉城下，日军在这里有16,000名海军陆战队和5,000名陆军部队负责守城。这里的巷战是逐条街道、逐个楼房进行争夺的，甚至进行白刃格斗，战斗整整持续了一个多月，直到守军全部被歼才告结束。马尼拉市已变成一片废墟。
在攻克马尼拉市的3个星期之前，盟军为夺取马尼拉的港湾而采取了积极的行动。2月15日，有一个团战斗队冒着日军的微弱抵抗，在巴丹半岛的最南端上陆。次日，一个由伞兵组成的团战斗队和一个营登陆队，密切协同，向哥黎希律岛要塞发动了进攻。出乎意料的是夺取该要塞的战斗用的时间较长，而且付出了巨大的代价。其原因之一是侦察情报不够准确。原估计日本守军为850人，而实际上比估计的人数多5倍。盟军于3月初才占领这个要塞，而马尼拉港口的其它几个岛屿直到4月才被占领。在清扫卡萨布兰卡、巴勒莫、那不勒斯、瑟堡和勒阿弗尔等港口的水雷障碍中曾发挥重要作用的威廉·沙利文准将，在此之前一直忙于指挥马尼拉港的清扫作业。对于沙利文来说，这次清扫作业是这次战争中最困难的一次，因为日军以几百艘沉船堵塞了该港。在马尼拉港恢复正常使用之前，从黎牙实比登陆的盟军部队已经占领了吕宋岛的东南半岛，这就使盟军的海上运输可以安全地通过圣贝纳迪诺海峡，保障了对吕宋岛上美军的补给。
在克鲁格将军的第6集团军把山下奉文的170,000名残余部队向吕宋岛的山区压迫时，金凯德的第7舰队便协同艾克尔伯格将军的第8集团军扫荡菲律宾各岛上的残余日军。但是，这一作战行动违背了参谋长联席会议的作战意图。参谋长联席会议原想把这项作战任务交给菲律宾人自己去完成。然而，由于麦克阿瑟所属的部队当时并无其它战斗任务，参谋长联席会议就没再提出什么异议。