却说元顺帝闻通州被陷，惶急异常，亟御清宁殿，集三宫后妃，及太子爱猷识理达腊，准备北行。左丞相失烈门，及知枢密院事黑厮，宦官伯颜不花进谏道：“陛下宜固守京都，臣等愿募集兵民，出城拒战。”顺帝道：“孛罗扩廓，屡次构乱，京中守备，空虚已久，如何可守？”伯颜不花大恸道：“天下是世祖的天下，陛下当以死守，奈何轻去？”顺帝道：“今日岂可复作徽、钦？朕志已决，毋庸多言！”伯颜不花再三泣谏，顺帝拂袖还宫。到了黄昏，召淮王帖木儿不花，及丞相庆童入内，嘱令淮王监国，庆童为辅。两人受命趋出，遂于夜半三鼓，开建德门，挈后妃太子北去。徐达率着明师，进薄齐化门，将士填濠登城而入，达亦上齐化门楼，擒住元淮王帖木儿不花，及左丞相庆童，平章迭儿必失朴赛不花，右丞相张康伯，御史中丞满川等，劝令归降，皆不从，一律处斩，宦官伯颜不花，先已自尽，元宣府镇南威顺诸王子六人，亦为明军所擒。达遂封府库图籍宝物，用兵守故宫殿门，不准侵入。宫人妃主，令原有宦侍护视。号令士卒，秋毫无犯，人民安堵，市肆不移。于是遣将赴应天告捷，一面命薛显、傅友德、曹良臣、顾时等，率兵分巡古北诸隘口，一面令华云龙经理故元都，增筑城垣，专待太祖巡幸。是段为元亡之结束。
太祖闻报，下诏褒奖北征军，且以应天为南京，开封为北京，并订定六部官制，各设尚书侍郎等官。先是明初官制，略仿元代，立中书省，总天下吏治。置大都督府，统天下兵政。设御史台，肃朝廷纲纪。至是改立六部，定为吏、户、礼、兵、刑、工等名目。后来胡惟庸伏法，复罢中书省，废丞相等官，以尚书任天下事，侍郎为副。复分大都督府，为五军都督府，统属兵部节制，权力远不如前。并增设都察院，统辖台官，这是后话慢表。叙述明初官制，以便阅者考核。
且说太祖以元都既定，启跸北巡，留李善长与刘基居守，自率文武百官，渡江北行。雨师洒道，风伯清尘，遥望六龙，相率额手。沿途所经，蠲免逋赋。既至北京，御奉天门，召元室故臣，询问元政得失。故臣中有一文吏，姓马名昱，顿首道：“元得国以宽，失国亦以宽。”太祖道：“朕闻以宽得国，不闻以宽失国。元季君臣，日就淫佚，驯至沦亡，是所失在纵弛，并非由过宽所致。圣王行政，宽亦有制，不以废事为宽；简亦有节，不以慢易为简。总教施行适当，自可无弊。”马昱之言，不能无失，明祖之言，恐亦未能实践。马昱惭谢而退。太祖又令放元宫人，免致怨旷。此外一切布置，概如徐达所定。当下命徐达、常遇春出师取山西，副将军冯胜，偏将军汤和，平章杨璟，随军调遣，太祖自还南京。
达受命西征，分道并进。常遇春攻下保定、中山、真定等处，冯胜、汤和、杨璟等，下怀庆，越太行，取泽潞，将逼太原。元将扩廓帖木儿，遣麾下杨札儿，来攻泽州，与杨璟、张彬等相遇于韩家店。两阵对圆，刀枪并举。杨璟、张彬等藐视元军，只道他没甚能力，一鼓便可击退，哪知杨札儿很是骁悍，部下又统经百战，个个拼命争先，战了多时，非但击不退元军，反被他冲动阵势，禁遏不住，只好一同败下，一骄便败。连忙禀报大将军。大将军徐达，调都督副使孙兴祖，佥事华云龙，出守北平，自率大军趋太原。途次闻元顺帝赦扩廓罪，还他原官，令出雁门关，由保安州经居庸关，来攻北平。当下集诸将会议，诸将或禀请回援，徐达道：“北平重地，有孙都督等扼守，定能抵敌得住，此次王保保全师远出，太原必虚，我军如乘他不备，直抵太原，倾他巢穴，他进无可战，退无可依，在兵法上，所谓批吭捣虚的计策，就使他还救太原，已是不及，那时进退失利，必为我所擒了。”计议已定，遂引兵径进。果然扩廓还兵自救，前锋万骑突至，差不多有排山倒海的声势。这边傅友德、薛显，两骑并出，指麾健卒，与他酣斗一场，方才把他击退。扩廓扎营城西，兵约数万，郭英登高遥望，返报遇春道：“敌兵虽多，不甚整齐，立营虽大，不甚谨饬，请乘夜踹营，当可决胜。”遇春入语徐达，达亦以为然。正筹划间，忽报扩廓营中
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，有密使赍书至此。当由达开缄览毕，退入帐后，写好复书；遣使去讫。随即升帐调兵，陆续出发。是夜天气阴晴，薄云四布，将及三鼓，郭英率精骑三百人，蹑至敌营附近，一声炮响，四面纵火，红光炎炎，不殊晓日。遇春也统着大队，鼓噪前进。敌营里面，也有一队人马，呐喊出来。两边相见，并不厮杀，反传了一声暗号，引着明军，扑向主营而去。故作疑阵。扩廓帖木儿方燃烛坐帐中，使两童子捧书侍立，正拟接书展阅，忽闻营外喊杀连天，料知内外有变，急忙推案而起，连靴子都不及穿齐，赤着一脚，跑出帐外，跨上一匹劣马，举鞭乱敲，觅路北遁，手下只有十八骑随去。遇春等杀入营帐，营中已纷纷溃乱，经遇春下令，降者免死，于是相率弃械，跪降马前。共得兵四万人，马四万匹。看官听着！这扩廓也是有名大将，难道强敌在前，全不防备？况他至三鼓以后，尚燃烛看书，明明不是个糊涂人物，为何明军劫营，慌急到这般情形呢？原来扩廓部下，有一将名豁鼻马，默睹元运已终，明祚方盛，早有率众归降的意思，且闻徐达虚心下士，不杀降人，越觉投诚心亟，因此背了扩廓，暗中递书徐达，愿为内应。达即复书相约，互通暗号，所以得手如此容易。叙明原因。扩廓既遁，太原自下，徐达又乘势收大同，分遣冯胜等徇猗氏、平阳诸县，擒元右丞贾成、李茂等，榆次、平遥、介休，以次攻克，山西悉平。
太祖接着捷报，心中愉快，自不消说。倏忽间已是洪武二年，太祖亲定功臣位次，命在江宁西北鸡笼山下，建立功臣庙，已死的功臣，设像崇祀，未死的虚着座位，共得二十一人，以大将军徐达为首。小子依史录述如下：徐达字天德，濠州人。常遇春字伯仁，怀远人。李文忠字思本，盱贻人，太祖甥。邓愈虹人，初名友德。汤和字鼎臣，濠人。沐英字文英，定远人，太祖养子。胡大海字通甫，虹人。冯国用胜之兄，定远人。赵德胜濠人。耿再成字德甫，五河人。华高含山人。丁德兴定远人。俞通海字碧泉，濠人，徙于巢。张德胜字仁甫，合肥人。吴良定远人，初名国兴。吴桢良之弟，初名国宝。曹良臣安丰人。康茂才字寿卿，蕲人。吴复字伯起，合肥人。茅成定远人。孙兴祖濠人。
未几，又以廖永安、俞通海、张德胜、桑世杰、耿再成、胡大海、赵德胜七人，配享太庙，并因徐达攻破元都，得元十三朝实录，乃诏修元史，命李善长为监修，宋濂、王祎为总裁，并征隐士汪克宽、胡翰、陶凯、曾鲁、高启、赵汸等十六人为纂修，阅六月书成。惟顺帝未有实录，又遣使往访遗事，于次年续修，不到几月，也即告竣。后人谓史多简率，不足征信，这也不在话下。