一个与白天完全不同的世界展现在李缄面前，为争夺重要资料，各国的超级部队纷纷登场，到底谁更胜一筹？
李缄想要置身事外，但是，无意中发现其中却牵扯到自己父母死亡的真相，为了追寻父母的死因，他毅然投入黑夜之中，成为黑夜的幽灵……
第二卷 黑夜世界 第一章 不速之客
李缄潜回家已经是第二天早上四点了，寻了个隐秘的地方，藏好那个从海底得来的宝箱，李缄愉快地开始了新一天的工作。首先要做的就是和『聆星』联机，互相交换一些资料。
目前，李缄总共已经破译了千多个上古文字，字库虽然还没有完全完成，但『聆星』已经可以根据这些破译出来的文字对那些书籍进行一些翻译，还可以根据现有的资料进行推断破译其他文字，这就大大缩短了破译的时间。
随着破译的迅速进展，一段尘封亿万年的历史，神话一般恢弘的过去，终于，在李缄眼前展现它的冰山一角。
原生时代是地球生命起源的时代，在这之前地球上是没有生命的，有的只是喷发的火山、火热的熔岩、浑浊的大气、毫无生机的海洋……直到承载生命树的月球到来，生命树在地球上播撒生命的种子，生命才诞生在地球上，经过漫长的进化岁月，各种各样的生命出现在这个星球上，世界也因此变得多姿多彩。而作为这一切的始作俑者，月球和生命树，早在完成播撒生命种子的工作后，就开始了它们的另外一段旅程。
原生时代延续了数亿年，当地面上演化出了众多具有高级智慧的生物的时候，地球生命迎来了启蒙时代。月球在这个时候再次莅临地球轨道，居住在月球中的“神”降临大地，向智慧生物传授知识。渐渐地，各种具有高等智慧的生物掌握了各种各样的知识，并开发出他们自身的奇特能力，他们和“神”一起建设着这个世界。那是一个如此神奇的时代，各种各样的智慧生物和平相处，有些智慧生物被“神”选中，居住到月球中的雄伟城市。
就这样第一代文明被孕育出来了，这个文明一度发展到了一个相当高的文明程度，它最高的文明成就就是综合许多原生物种的优点，创造出了各种新的强大的物种，其中包括最为杰出的智慧生物──人类。
在这期间，月球又曾多次离去，在遥远的宇宙空间，履行着它播撒生命的使命。
辉煌的第一代文明并没有长久存在下去，因为一场“神”之间的可怕战争，它的辉煌瞬间化作了尘土。战争爆发了，来得如此迅速，所有人都不清楚它是如何发生的，就卷入了战争的洪流。在这场战争中，本来位于近地轨道的月球受到严重损伤，脱离近地轨道，因为其巨大引力的作用，滔天的大洪水席卷了大地，抹去地面上战争的痕迹，还有无数的生命，第一代文明也随之消亡。