为了朱由校的安全，诸大臣暂将他安排在太子宫居住，由太监王安负责保护。李选侍挟持朱由校的目的落空，又提出凡大臣章奏，先交由她过目，然后再交朱由校，朝臣们强烈反对。
朝臣们要求李选侍移出乾清宫，迁居哕鸾宫，遭李选侍拒绝。
李选侍又要求先封自己为皇太后，然后令朱由校即位，亦遭大臣们的拒绝。
与此同时，郑贵妃还想推举自己儿子福王来当皇帝。声称大行皇帝在生的时候，对福王最是喜爱。现在皇太孙朱由校不过十六岁。还是让福王来当皇帝更加适合。
东林党那里愿意啊？他们可是为了朱常洛为太子的事情和万历皇帝抗争了足足十五年年！这中间发生了多少波折啊？福王又有多少机会都因为东林党的阻击，而被毁去啊？福王对于东林党人的感官，想想都知道是什么情况了。
让福王当皇帝？那东林党用暗无天rì来形容都往小的说，十之**是挫骨扬灰！
东林党人坚决反对。他们反对的还有道理！大行皇帝喜爱福王不假！但朱由校可是万历皇帝临终前册封的皇太孙啊！怎么着？
郑贵妃没有办法了，对于朝臣怨恨的她，便极力怂恿李选侍和朝臣对抗。而这李选侍则是郑贵妃献给朱常洛的美人，原本更是李选侍身边人，自然不会违背郑贵妃的意愿了。
朱由校御乾清宫登极大典rì期迫近。至初五rì，李选侍尚未有移宫之意，并传闻还要继续延期移出乾清宫。
内阁诸大臣站在乾清宫门外，迫促李选侍移出。朱由校的东宫伴读太监王安在乾清宫内力驱。李选侍万般无奈，怀抱所生八公主，仓促离开乾清宫，移居仁寿宫内的哕鸾宫。
九月六rì。朱由校御奉天门，即皇帝位，改明年为天启元年。
至此，李选侍争当皇太后、把持朝政的企图终成画饼。
后宫和朝臣之间的明面上的对抗也落下序幕了，不过事情还没有完全结束。
李选侍“移宫”数rì后。哕鸾宫失火，经奋力抢救，才将李选侍母女救出。
反对移宫的官员散发谣言：选侍投缳，其女投井。并说“皇八妹入井谁怜，未亡人雉经莫诉。”
以此来到指责朱由校违背孝悌之道。
朱由校在杨涟等人的支持下批驳了这些谣传。指出“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵。厚养选侍及皇八妹。以遵皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣”。
至此，“移宫”风波才算暂告结束。