公元1549年春，御史陈九德向嘉靖皇帝上了一份奏折，弹劾大明王朝第一位抗倭名将、闽浙提督朱纨擅杀96名涉嫌走私的福建百姓。于是，嘉靖皇帝下诏：朱纨暂行解职，回原籍听候查勘。同时派兵部给事中杜汝祯会同福建巡按御史陈宗夔调查事情真相。
这本是一个再正常不过的审查程序，稍有自信的官员都不会有过激反应。然而，意想不到的是，朱纨却选择了自杀。
此后四百多年里，朱纨一直作为忠臣廉吏而载入史册，特别是中日矛盾尖锐的年代，更是和戚继光、俞大猷一同被视为保家卫国的民族英雄。
然而时至今日，当中国人以世界眼光重温这段历史时突然发现，曾经臭名昭著的“倭寇”并非地地道道的日本海盗，而是以东南沿海华人为主的走私贸易集团。不仅如此，在明朝政府和西方殖民者的双重夹击下，这些海商集团竟顽强地活了下来，并一度控制了整个东亚海域。最重要的是，正是这些所谓的“倭寇”为中国沿海数以百万计的百姓提供了生存和发展的机会。于是，朱纨的死不再像人们想象的那么纯粹和简单。
事实上，从接受闽浙提督的任命那一刻起，朱纨的悲剧命运就已经不可避免了。
1547年，浙江、福建地方官员频频奏报，极言倭寇活动十分猖獗，闽浙百姓深受其害，请求朝廷尽快派员整顿海防，肃清倭乱。
嘉靖皇帝是明朝历代皇帝中执行海禁政策最严厉的一位。明朝初年，旨在防御倭寇，孤立张士诚、方国珍流亡势力的海禁政策正式出炉。一方面，只允许周边国家到中国进行朝贡贸易，另一方面严厉禁止民间从事海外贸易。一百多年过去了，当年的反明武装早已销声匿迹，然而，海禁政策却被当作祖制被严格地继承下来。
在嘉靖帝看来，倭寇既与沿海当地官商勾结又与海外藩国相交通，又有舟楫之便，来无影去无踪，远不如山林草寇那么容易对付。因此，他急需寻找一位既有文韬武略，又坚持海禁政策，并且与闽浙地方势力没有利益瓜葛的大臣。
经过几番挑选，当嘉靖皇帝看到朱纨的履历时，他很满意。朱纨不仅是进士出身，而且长期担任武职，具有丰富的军事经验，更难能可贵的是，他是坚决的海禁派，与闽浙地方势力素无瓜葛。