法老的尸体被被放置在一张雪花石膏制成的专门用来加工木乃伊的案子上，案桌向一端倾斜。主要是清除可能滋生细菌的水分含量巨大的脑部、胃、肝、肠、肾。
先清除大脑，把一根铁丝细勾铁丝从鼻孔穿入，戳破鼻腔后面的筛骨之后，进入颅腔。然后上下旋转，将脑组织搅成浆糊，随后把尸体反转过来，腹部贴着台面，接着讲师团头部抬起，脑浆就会从鼻孔流出。
在处理过程中，小心翼翼，尽量不损伤尸体的任何一个部位。以便法老在来世复活时有一个完整的躯体。下一步是往头颅里灌注树脂。将尸体在此翻转过来，使其仰面躺在案子上，在他身旁有一个插有两支导管的瓷碗盛满了滚烫的树脂，防腐师将导管的另一端分别插入法老的两只鼻孔，然后将碗微微倾斜，树脂就通过鼻腔缓缓流入脑颅内。
树脂在头颅后部沉积下来。冷却之后形成第一层树脂，流进颅内的滚筒树脂将残留在颅底的脑组织灼烧干净。最后把法老的头悬在台边，使他的下巴朝天，然后第二次将树脂灌入头颅，这样树脂就在头顶部沉积下来，头颅顶部的脑组织也被灼烧干净，随后形成第二层树脂。
脑部被清除之后，在法老的腹部的左下方开了一刀以便摘取内脏。胃、肝、肠、肺被小心地取出后盛放在浅口碗里，等到去尽水分后，它们将被分别放入四个小金棺只能够以备国王来世复活之用。
而四只金棺外有四位守护雕塑。他们分别是复仇之神荷露斯，也是法老的守护者的四个儿子。
艾谢特，形象是一具木乃伊，他负责保护死者的肝，而他自己则被母亲伊西斯所护估。
哈比，长着男人的身躯，却有女人的胸脯，象征着尼罗河两岸丰腴的土地，他负责保护死者的肺部形象依旧是一具木乃伊，却是长着韩拂的头，他自己则由自己的姨母奈芙蒂斯女神守护。
杜米特夫，长着狼头的木乃伊。守护死者的胃，自己受到奈芙蒂斯的保护。
圣本汉穆夫，长着猫头鹰脑袋的木乃伊，保护亡者的肠，由蝎子女神赛勒凯特保护他。
只有心脏还留在体内，这样他才能够记住并念诵那些可以激活它躯体的魔咒。
即便大脑和内脏去除，尸体依旧含有诸多水分，为了彻底脱水，防腐师们在法老尸体上覆盖上一层泡碱。将尸体在泡碱之中存放三十五天之后，尸体中所有水分就会被吸干。剩下的工作就是进行包裹了。