麦克阿瑟还向尼米兹通报了这个作战方案，征求他的意见。
尼米兹与麦克阿瑟一样，也反对参谋长联席会议的新方案，认为这过于冒险，步子太大也太快了，难以使陆基航空兵、陆军和海军部队同时参加进攻。他指出，进攻日本比较有把握的路线还是沿着参谋长联席会议3 月提出的计划打下去，那就是经菲律宾、台湾和琉球群岛向九州和本州推进。
但是，他对麦克阿瑟的作战计划也有保留意见，认为执行这个计划缺乏足够的空中支援力量，使作战时间拖得太长。所以，他提出一个新方案：让麦克阿瑟的西南太平洋部队在太平洋舰队的支援下，在棉兰老岛登陆后修建机场，使日军在吕宋岛上的航空兵部队陷于孤立；然后，西南太平洋部队同中太平洋部队会合，一起向台湾和中国大陆沿海挺进。显然，这个方案是对参谋长联席会议与麦克阿瑟各自提出的方案的一种折衷。
麦克阿瑟坚决反对尼米兹的新方案，他说：“尼米兹将军的计划是一个在战略上站不住、在道义上通不过的计划。其实，这不是尼米兹的东西，而是金上将的计划。我决不能把菲津宾那么多的岛屿和人民扔下不营。”麦克阿瑟是铁了心要解放整个菲律宾。他给参谋长联席会议再次发电：“我要求去华盛顿充分陈述我的意见。”
三方意见相左，各不让步。马歇尔将军只得把情报报告给罗斯福，欲请三军总司令出面解决三方的分歧。
总统莅会
罗斯福总统自德黑兰会议后，身体每况愈下，不断咳嗽，面色憔悴，医生建议他住院休养。可是，罗斯福忙于参加竞选，不仅拒绝入院，而且从来不问检查结果，也不关心治疗情况。他不愿让身体健康状况影响他竞选连任。在美国历史上，还没有一位总统连任三届，并竞选第四届连任的事情。政治上雄心勃勃的罗斯福打算开历史先河，成为第一位连任四届的美国总统。在国家危难之秋，罗斯福不愿退出政治舞台，他认为，他还有没有发挥出来的潜力，他要给自己的一生写上一个完善的句号。
罗斯福此时正打算去太平洋战场视察，以作为他竞选连任时发表演说的一部分内容。听到马歇尔的报告，罗斯福意识到这不仅仅是个军事战略问题，的确也是个政治问题。他对麦克阿瑟的警告不能不引起重视，这涉及到能否连任总统的问题。如果他决定绕过菲律宾，就会背上抛弃老朋友的名声，那么在日益临近的大选中很可能使他遭受政治上的损害。另外，麦克阿瑟在国内的名气很大，有很多的拥护者，虽然他败走马尼拉，但许多人却把他视为“蒙难的君主”，美国一些街道、场馆、建筑，甚至一些跳舞的舞步，都是以他的名字命名的。对于这样一个受到普遍尊敬的英雄，一个出尽风头的人物，罗斯福不能不认真对待，以免这位惹不起的天不怕、地不怕的将军给他带来什么麻烦。