慈禧和恭王商量后作出两个决定：一是命令山西巡抚张之洞火速查明葆庚等人的实情，二是就近垂询寓居山西十多年来京不久的户部尚书阎敬铭。
阎敬铭心中早已有数，召对之时，不仅证实张佩纶、陈宝琛的参劾有据，而且还向太后禀奏在晋期间的亲见亲闻，为前几年山西腐败的吏治提供不少新证据。
接到查核葆庚一案的上谕后，张之洞立即命令马丕瑶、杨锐等人，将半年来明察暗访所积累的一切，详详细细地条贯清厘，写成一份厚达百余页的佐证，派人护送进京。
这份佐证一到军机处朝房，葆庚、王定安等人狼狈为奸贪赃枉法的罪行便铁证如山了，秉政的恭王下令革去葆庚、王定安的职务，锁拿来京，交刑部审讯严办。
这时，又有一个名叫李肇锡的御史，因素来看不惯曾国荃倚老卖老的作派，便借着这个机会参了一折，说曾国荃滥保匪人误国害民，应一并严惩，以为大臣荐人之戒。吏部堂官中也有讨厌曾国荃恃功骄慢的人，便作了一个“降二级调用”的处分，呈请慈禧裁决。此时，因越南与法国发生冲突，广西边事紧急，粤督一职顿时显得更加重要。尽管慈禧一向不满曾国荃的骄纵疏懒，极想借机杀一杀他的威风，但考虑到一旦战火燃起，还得倚仗这位能打硬仗的曾老九，便加恩改为革职留任，仍在粤督位置上不动。
连功勋显赫的曾国荃都受到了处分，可见慈禧对山西贪污救灾款一案的恼怒，以及惩办的决心。葆庚想以打击张之洞来自救的路子，显然已成死胡同。受王定安收买原拟弹劾张之洞渎职的几个御史，也悄悄地把已拟未发的奏稿烧掉了。
刑部审讯后定案：葆庚革职，充军新疆，永不回京；王定安革职，监禁十年。按理说，刑部的量刑太轻了，但如此处置，已是对张之洞抚晋的极大支持。张之洞借着朝廷的这股春风大张旗鼓地做了两桩大事：一是彻底清查藩库，并扩大到全省十八府州及六十余县的库房账目，严惩所有犯有贪污挪用罪情的官吏。桑治平提醒他，自古以来，法不责众。山西全省官吏，程度不等地犯有贪污挪用情事的在半数以上，此令若下，这些人都会在惩处之列，整个山西官场则将瘫痪；甚或他们背地里勾结联盟，清库一事则成敷衍过场。两者都对大局不利。不如总大纲而宽小过。凡牵涉到葆庚、王定安贪污救灾款的，限三个月内主动坦白，将所贪污的银子如数缴还，并加三成罚金，照办者一概免于处分。各府州县库房在半年内清查期间，凡将所欠公款如数归还的，都不算贪污挪用。山西眼前最缺的就是银子，如此网开一面，数月之内将会有二三百万两银子入库，省内各项兴作办起来就容易多了。
桑治平这个主意虽有以罚代法之嫌，但于实际有补。权衡利弊，张之洞还是采纳了。