蒙元虽然在治国思想上利用儒家文化，但在贯彻的过程中是不彻底的。在现实的生活中，存在对儒家文化的歧视，比如他们把当时的汉人分成了十等，即“官、吏、僧、道、医、工、匠、娼、儒、丐”，本来“官、吏、医”等阶层的人也属于儒家体系，但为了侮辱和嘲弄汉人的价值观，故意把“儒家”分出来置于“娼”和“丐”之间。
由于儒家思想得不到彻底的贯彻，元朝在后期产生了严重的社会矛盾和民族矛盾。仅仅经历了百年的辉煌，曾经不可一世的蒙古铁骑，也不得不从中原消失了。
兼容并包的宗教情怀
熟悉《射雕英雄传》的人都会记得其中这样一个情节：暮年的成吉思汗年老体衰，他闻听“全真七子”之一的丘处机有养生长寿秘诀，便派人下诏请丘处机前往汗帐，想向他讨教长生之术。丘处机欣然应命，率领门徒不远万里前往西域大雪山，向成吉思汗进谏治国之本。小说的描写和历史自然有一定的出入，但在历史中，这二人确实在蒙古大漠会过面。
１２１９年冬，成吉思汗在西征途中，听随行的中原人介绍丘处机法术超人，遣使相召。丘处机说：“我循天理而行，天使行处无敢违。”遂带弟子１８人前往。历时三年，行程万里，７４岁高龄的丘处机终于会成吉思汗于雪山。每每进言：“要长生，须清心寡欲；要一统天下，须敬天爱民。”此讲深得成吉思汗赞赏，口封“神仙”。在丘处机的影响下，成吉思汗曾令“止杀”。
由于与成吉思汗的这段机缘，道教在蒙古时期以及元朝初期取得了特殊的地位。元太祖十九年（１２２４年），丘处机回到燕京，奉旨掌管天下道教，住天长观（今白云观）。同年，丘处机曾持旨释放沦为奴隶的汉人和女真人三万余人，并通过入全真教即可免除差役的方式，解救了大批汉族学者。自此，全真教盛极一时。
尽管这一时期道教尽受恩宠，但成吉思汗对其他宗教亦是同样优礼，正如志费尼在《世界征服者史》中提到的：“因为不信宗教，所以他没有偏见，不舍一种而取另一种，也不尊此而抑彼；不如说他尊敬的是各教中有学识的、虔诚的人，认识到这样做是通往宫廷的途径。他一面优礼相待穆斯林，一面极为敬重基督教和佛教。”
可以说，成吉思汗是坚决主张信仰自由政策的，他在给后代的遗言中就强调，对各种宗教要一律平等对待。所以在元朝建立后，各种宗教得以并存。对此，李志安先生这样说：“先西征的战略选择让定都北京后的蒙元政府几乎成为一个’‘联合国’‘，忽必烈必须考虑各色人等的利益之争。”