但是在2008-2009下半赛季，由于克林斯曼的下课，已经赋闲在家，处于退休状态的海因克斯又被拜仁慕尼黑俱乐部请回来做临时主教练，帮助这支处于低谷的球队拿到了联赛亚军。
在拜仁慕尼黑的复出似乎让老帅重新感受到了执教一支球队的激情，结束了在拜仁慕尼黑的救火主教练工作之后，他转而去执教勒沃库森，帮助这支球队拿到了联赛亚军。
2011年的时候，因为多特蒙德的强势崛起，拜仁慕尼黑重新失去了联赛冠军，同时范加尔也失去了对更衣室的控制，被拜仁慕尼黑俱乐部高层提前解雇，在解雇范加尔之后，拜仁慕尼黑在选择接班人的时候，就想到了海因克斯。
双方提前就签下了一份为期两年的合约，在2011年七月份开始生效。
就这样，海因克斯第三次执教拜仁慕尼黑。不过从他执教开始起，大家都觉得海因克斯就是拜仁慕尼黑找来救火的，他们始终不会放弃寻找一个真正的世界级的名帅来率领拜仁慕尼黑对抗多特蒙德，而且还要年轻。
只要拜仁慕尼黑找到了合适的人选，海因克斯就会再次走人。
在今年一月份拜仁慕尼黑提前宣布和瓜迪奥拉签约，似乎也证明了这一点。
而老帅也随之宣布在拜仁慕尼黑的这最后半个赛季将是他执教生涯的最后半个赛季，履行完和拜仁慕尼黑的这份合同，他就讲彻底退休，不再担任任何球队的主教练。
在宣布签约瓜迪奥拉之后，其实大家对于海因克斯的执教成绩已经没有要求了，至于对抗多特蒙德的任务，则交给了瓜迪奥拉。大家都比较乐观的认为只要瓜迪奥拉上台，就可以带领拜仁慕尼黑重回巅峰，击败多特蒙德。
但谁曾想，在联赛的最后半个赛季里，拜仁慕尼黑的表现却非常稳定，连战连捷，始终在联赛积分榜上保持着对多特蒙德的领先。不仅如此，在德国杯中，他所率领的球队也淘汰了多特蒙德，现在杀入了德国杯的决赛，在欧冠半决赛中以7:0的惊人比分淘汰了巴塞罗那，杀入欧冠决赛。如此一来，这位执教生涯按天倒数的老帅，竟然有机会率领拜仁慕尼黑成就德国足球历史上的首个三冠王！
这可真是让不少人跌破眼镜。
但拜仁慕尼黑的球员们恐怕是不会觉得意外的，因为他们和海因克斯在一起工作了两个赛季，他们很清楚海因克斯的能力和为人，和固执己见不善和球员沟通的范加尔比起来，老帅海因克斯更和善，能够更好的管理拜仁慕尼黑的更衣室，让“德甲好莱坞”内部一片团结，这恐怕是本赛季拜仁慕尼黑能够将多特蒙德压在下面的主要原因了。