新闻记者荻原虽然嗅出真相而向芹泽博士探听秘密武器的情报，但芹泽博士却当面否定。不过芹泽博士反而愿意向惠美子透露这项秘密，当然这是透过保守秘密，来拉近彼此距离的行为。然而惠美子无法承担知道这个秘密的苦恼，所以决定将秘密武器的情报和自己的男友尾形分担。重要的是「氧气破坏剂」有着「恶魔的发明物」这种邪恶的魅力。虽然芹泽博士希望氧气破坏剂的技术可以用在和平的方式上，然而这种发明有着消灭氧气并造成生物死绝的性质，芹泽博士认为这始终无法有效活用。不过假设用来抑制霉菌过度繁殖，说不定会成较为普遍而且和平的使用法。
从芹泽博士的黑眼罩就能看出他的内心拥有不能对外公开的秘密。虽然剧中设定是为了掩盖旧伤，但肉体具有伤痕是史诗英雄一定会有的特征。而且，在文化的视觉表现上，戴着眼罩或是单片眼镜往往象征着拥有不寻常能力的角色，而本片也利用了这一点。
其实，剧组留下来的剧照中，还有年轻时的芹泽博士跟惠美子一起玩耍的场面。虽然这个场面因为没有采用而没留下电影底片，想当然地，惠美子口中「如同亲哥哥般的」的芹泽博士不但没有穿白袍，也没有戴上黑色眼罩。「如果不是战争的关系，就不会受到那严重的创伤」，这是尾形唯一一句透露出关于旧伤情报的台词。不过，在芹泽博士的眼罩下，还隐藏着对惠美子的思念、恐怖发明的秘密，以及跟不上战后日本的时不我与等种种烦恼。尤其是经过尾形等人的说服后，芹泽博士虽然决定将氧气破坏剂作为杀死哥吉拉的终极武器，在无言中烧掉相关研究资料的他，却散发出一股相当遗憾的氛围。
加藤典洋将哥吉拉当成是日军二战英灵的「客观性相关物」。这个词原本是用于说明哈姆雷特和父亲亡魂之间的关系。既然绝对必须成为英雄的芹泽博士等于是现代版的哈姆雷特，那么他的客观性相关物就是哥吉拉了。至于会说芹泽博士像是烦恼于复仇的哈姆雷特，其证据就在于香山滋的《G作品检讨用脚本》里，芹泽博士有一句：「到底是该用?还是不该用呢?」的台词。哥吉拉的丑恶、强大、惨况、悲戚与时不我与，这种种要素都与芹泽博士有着强烈的共鸣。
其实，芹泽博士并不是个彻底避世的人，他还是会待在研究室里默默地收看电视新闻上的灾情报导。只是他对外界产生如此灾厄，却没有避难的打算，只是照样潜伏在实验室的暗处而已。也许他只是在看着来自海底的过去亡灵代替他破坏这个世界。如果在地表上使川氧气破坏剂会如何，其可能结果就仿像是哥吉拉造成的破坏。再说哥吉拉到达东京后，在故事的要求下，让芹泽博士看起来变得更像现代版的「疯狂科学家」、「浮士德博士」。当然，以类似作品的角度来看，芹泽博士也可说是《海底两万哩》的尼莫舰长。
哥吉拉推倒电塔后遇到了江户城的护城河，便转向往大海的方向离去，引起湾内巨大的波浪，也有一说是因为芹泽博士的关系：哥吉拉确认了芹泽博士的存在之后才回头，这说法又是怎么回事呢?那是因为，芹泽博士曾在剧中走出研究室外—在式根号巡防艇前往大户岛时，亲自目送式根号即将出港。这就是他曾接近过哥吉拉的行为之一。而哥吉拉则是两度登陆，接近芹泽博士。它像是在找什么似地左右摆头，确认对方的存在。接下来，芹泽博士接近哥吉拉的时机，就是搭乘式根号巡防艇准备下水攻击哥吉拉的场面。这两个相同性质的角色同极相斥的结果，就是像核弹一样连锁反应而爆发。然而芹泽博士在实验室里，到底是发明了什么足以和哥吉拉抗衡的武器呢?