当年圆谷英二为了拍摄特摄电影而准备的点子是「在印度洋袭击捕鲸船的大章鱼」，主要的舞台也许就选在金刚栖息的骷髅岛附近。此外，捕鲸船也代表着日本战后的粮食状况。一九四五年时，GHQ为了让日本度过粮食危机，所以允许日本人在小笠原群岛周边海域捕鲸，而当时日本人以母船式作业(注19)由北到南进行捕鲸活动。虽然GHQ一开始提出的捕鲸母船候选还包括了长门号战舰，但第一艘成为母船的是搭载自杀式单人操控鱼雷「回天」的战舰(注20)。将鲸鱼拖上甲板时，甲板上用来把回天射入海中的斜面正好派上用场。
结果就是当时鲸鱼占了全日本「肉」供给的将近五成。当时鲸鱼肉比起牛肉、猪肉还要供给更多的人食用，甚至还衍生出「炸鲸鱼排饭」、「鲸鱼培根」、「炸鲸鱼皮」等食品。捕鲸不但在此时抓住了传统日本的饮食文化，而且最重要的是日本靠着这个方法解决了战后的粮食问题，再说属于团块世代的日本国民就是透过学校的营养午餐扩大了吃鲸鱼的文化(参考自秋道智弥《鲸鱼算是谁的东西?》(注21)。于是，鲸鱼就在这个时代背景下，从诡异的怪食物一跃成为大众美食。
但即便是打着调查的名目，日本的捕鲸还是产生众多的冲突。二〇一〇年，激进的环境保护组织「海洋守护者协会」(Sea 射pherd Conservation Society)将自己用来妨碍日本捕鲸船的船称为「哥吉拉」，并且在船身上画着绿色鬣蜥。虽然他们的船上飘着海盗旗和澳洲国旗，不过因为哥吉拉的图案而有侵权之嫌，所以他们的船后来改名为「碧姬·芭杜号」(Brigitte Bardot)。
他们为自己的船取名为哥吉拉号，就是要为了用哥吉拉的名义袭击日本人，并以此达到嘲讽的目的。只是他们不把日本当成专吃鲸鱼的恶兽哥吉拉，而是自诩为破坏东京的哥吉拉，这种思维反而颇令人玩味。借着破坏力来拨乱反正，就是海洋守护者协会打的算盘，这里，哥吉拉被理解为保护人类的英雄。这个近年来的插曲也算是鲸鱼和哥吉拉之间的一种奇妙的缘分。
千禧系列的《哥吉拉×机械哥吉拉》(注22)，一开始船员在雷达上发现生物时，也将哥吉拉误认为鲸鱼，因此可以了解到鲸鱼和哥吉拉之间的关系就是如此地深厚。而且日本人和鲸鱼间的关系也是颇有历史渊源。例如，青森的三内丸山遗迹中曾挖掘出鲸鱼的骨头，《万叶集》将鲸鱼写作「伊佐鱼」，而古朝鲜语则是将鲸鱼写作「勇鱼」(注23)。现在日语普遍使用的鲸鱼(Kujira)，其来源至今仍有各种的说法，例如有「黑白(Kurosiro)」、「口广(Kuchibiro)」等等。
在八世纪时，记载神武天皇事迹的〈久米歌〉中，《古事纪》的段落将鲸鱼写作「久治良」，《日本书纪》则为「区施罗」。歌词内容颇为大气，说为了捕捉鹬鸟撒网却捕到鲸鱼。此外，「哥吉拉祭典」上的贺词则是将哥吉拉写作「吴尔罗」。还有明治时期的浮世绘画家歌川政信曾画出关于渔民捕鲸的锦绘，该画作的名称为《大渔大苦儿罗》。这些都可说是万叶假名(注24)的传统。