但由于新宿上空核弹爆炸，随之而来的电磁脉冲波使超级X停机，核爆产生的雷电也让刺激哥吉拉苏醒，让超级X曝露在放射能火焰的攻击下。一旦镉弹用尽，超级X的武器功能便随之丧失(注23)。拯救这危急状态的，是本电影中的另一个真正秘密武器。这个秘密武器跟《哥吉拉》的氧气破坏剂有相同的任务，不过这次是林田博士发明的合成音波，利用生物体内的磁性促使迁移行为。而完成的契机就是奥村等人发现哥吉拉对候鸟的声音会有反应。
接下来的剧情，就是把随着大黑岛火山喷发出现的哥吉拉，导引到人工爆发并喷出岩浆的三原山，并将哥吉拉送入火山口。因为是发生在都市的战斗与灾难，所以电影中也有居民避难的场面，只是《哥吉拉》片中那群经历过实际空袭、听到空袭警报会害怕的人们正持续减少，所以，就算《哥吉拉(一九八四年版)》中的新世代看到了那样惊人的场景，还是会按照平日的避难训练，听从某些规则和指示行动。因此就看不到《哥吉拉》片中，当船上的派对舞客目击哥吉拉时，争先恐后挤往逃生出口的那种无秩序力道。
不过即便是如此，这部电影还是描连了因哥吉拉而造成的社会恐慌。片中描绘的不只是(随着大楼矗立而跟着长高的)哥吉拉造成的破坏以及随之而来的避难，甚至还有甘草人物般的骗徒(武田铁矢饰)趁大家避难时，跑进空无一人的餐厅里大吃大喝。其实在香山滋的《G作品检讨脚本》中，原本还有负责搞笑的街头卖艺人，只不过这个设定被本多猪四郎删除。直到小田拍摄《哥吉拉的逆袭》后，才开始在系列作中引入前面提到的诙谐逗趣戏码。
在《哥吉拉(一九八四年版)》的剧情里，林田教授并非要打倒所谓「不灭」的哥吉拉，而是取得方向的控制力。而且超级X发射的镉弹顶多也只能抑制哥吉拉体内的核反应。就像是用控制棒顶多能抑制反应炉内的核反应，并不能直接废炉。所以，林田教授激发出哥吉拉与鸟类相同的归巢本能，再引至伊豆大岛的方式，来控制哥吉拉的行为。因此，「管理」就是这部电影的关键。若是提到昭和系列的管理，就是在「怪兽岛」这种空间将怪兽隔离，不过到了《哥吉拉(一九八四年版)》则是监控哥吉拉的行动，并且加以引导。如此一来，就能减少损害。
从以上这些观点看来，三位年轻人跟林田教授可说是整部电影中的焦点。不过在这里，还是看看另一位英雄三田村首相吧。虽然一开始他像个「只希望能平安卸任」的平凡首相，但由于哥吉拉的出现，让他不得不做好拯救日本及世界的判断。这就有如平凡的恐龙突然变成哥吉拉。虽然片中出现了仿佛《哥吉拉》当中议员们争执不休的场景，不过首相这时发挥老狐狸般的机智，各自指派负责人并展开多方作战。面对美苏企图用战术核子弹攻击哥吉拉时，他又适时以「非核三原则(注24)」当作护盾来拒绝。最后将哥吉拉落入三原山的岩浆中，也忍不住地掉下眼泪，不仅是代表自己对哥吉拉的移情，也是对自己能安然卸任所产生的放心感。