哥吉拉电影配合着战后女性的职业升迁转换，在剧中改变着角色安排与设定。就像新力和哥吉拉系列的合作中，置入行销产品随着时代的发展，从收录音机改为可携式电视直到笔记型电脑一样。相对于军人、科学家这种男性形象在哥吉拉系列中始终如一。女性的形象即使是在客群偏向儿童的作品中，还是会迎合时代让女性展现新面貌。
与此相对地，《哥吉拉VS戴斯特洛伊亚》里的山根惠美子，却成为来自过去的警言。她认为伊集院的「微氧分子」和芹泽博士的「氧气破坏剂」有相似之处，并告诉由佳里当年的「氧气破坏剂」很可能会以另一种面貌作为恐怖武器重现于世。后来，再次遇见由佳里的伊集院，因为东京湾底下的工地现场发生异变，而开始调查四十年前因为氧气破坏剂而产生异变的地层。虽然伊集院说他在研究氧气之外也有把芹泽博士的事情放在心上，但他也展现出研究地层的兴趣。换句话说，伊集院这个角色兼具地质专家山根博士和化学专家芹泽博士两种特性。
深埋在地层中、因刺激而开始活动的戴斯特洛伊亚，拥有四阶段的变身能力(可能是向昭和系列的公害怪兽黑多拉致敬)。虽然它是在前寒武纪的无氧状态下也能生存，然而却因为氧气破坏剂的影响而变成怪兽。戴斯特洛伊亚在剧中最初开始活动的地点为品川水族馆的水槽中，这是纪念第一代哥吉拉登陆日本的地点。
另一方面，山根健吉所加入的、专门监视哥吉拉的「G-Force」机关，必须在哥吉拉袭击香港，经过台湾、冲绳海域并通过丰后水道北上时将其阻止。他们推测哥吉拉打算前往四国的核电厂摄取铀燃料。为了阻止哥吉拉，自卫队出动秘密武器「超级X-Ⅲ」。超级X-Ⅲ发射冷冻武器及强力镉弹，暂时让哥吉拉停止活动。冷冻武器可说是承袭自《哥吉拉的逆袭》中雪崩战术的点子吧。后来也发现，这只能让哥吉拉暂停六小时而已，充其量只是临时措施。
此时，又发现了一只哥吉拉正穿过御前崎。一次出现两只哥吉拉，也成了这部电影的要点。这只其实是前作《哥吉拉VS太空哥吉拉》中，有着滴溜溜的可爱眼睛、有如宠物般的小哥吉拉，不过因为巴斯岛爆炸，而化身为另一头哥吉拉。它因为归巢本能的影响，所以打算回到白令海上的诞生故乡小岛。它与其说是长大了，不如说是因为天然铀矿的爆发而改变面貌。这一只哥吉拉便改称为「哥吉拉二世」(Junior)。
利用哥吉拉打倒蔓延东京的戴斯特洛伊亚(注28)，同时又打算利用戴斯特洛伊亚击溃哥吉拉，也是这部电影的亮点之一。换句话说，人们计划在两只怪兽自相残杀中渔翁得利。为此，他们还利用心灵感应将哥吉拉二世呼唤到东京，好吸引哥吉拉追来。这一次的秘密武器，可以说就是心灵感应。
有明、天王洲、御台场、羽田机场是这部电影的主战场。体温不断上升的哥吉拉和哥吉拉二世互相以吼声回应，让人联想到《原子怪兽》的原作《雾号》。在雷·布莱伯利的这篇小说中，孤独生活于深海的恐龙寻求同类而现身，将灯塔的雾笛当成是同类的呜叫声。被哥吉拉二世击倒的戴斯特洛伊亚溃散后，又合体为巨大化的最终形态，接着和哥吉拉之间的对决就是这部电影的高潮。当戴斯特洛伊亚想要遁逃时，自卫队以武器冻结其翅膀，落在即将炉心熔毁的哥吉拉一旁。