陈亮出狱后，有事到义乌的岳丈家中去了一趟。回来时，发现一个土豪劣绅纠集一般地痞准备劫杀他，陈亮侥幸逃脱，跑到州县去告状，但州县的衙门反应冷谈，认为这是陈亮的幻觉，说他精神恍惚。陈亮没有办法，只好躲进家中休养生息。但飞来的横祸在家中也躲不过。绍熙元年（1190），陈亮再度入狱，这次的罪名是指示杀人。当时陈亮的家僮外面杀了人，被杀者曾经羞辱过陈亮的父亲，于是死者家属四处告状，认定陈亮是凶手案的幕后策划者。陈亮百口莫辨，就再度回到监狱。
这次案情更为简单，但羁留关押的时间远远长于上次。为什么呢？一则因为主审官正是被陈亮嘲笑过的何澹；一则是有人怀疑陈亮非法致富。出狱后，陈亮给他人写信表示感谢，说明了自己为什么会遭此捶笞：“（我）衣食才足，示以无求；人真谓其有余，心固疑其克取”，“穷居而使衣食之粗足，似若无因。谓其豪强，处以任侠。”也就是说，陈家十年之间由苦寒进入小康，甚至广购田产，大造园林，有人疑心陈亮暗地里进行过打家劫舍的勾当。看来，豪气干云也是麻烦。
否极泰来，陈亮的噩梦终于过去。绍熙四年（1193）春，陈亮状元及第。当时阅卷官呈奏及第进士名次时，陈亮本来是第三名，但光宗皇帝看到陈亮试卷上的一段话后，龙颜大悦，毫不犹豫地将陈亮改为第一：
臣窃叹陛下之于寿皇莅政二十有八年之间，宁有一政一事之不在圣怀？而问安视寝之余，所以察辞而观色，因此而得彼者其端甚众，亦既得其机要而见诸施行矣。岂徒一月四朝而以为京邑之美观也哉！
这里的寿皇是孝宗。其时光宗有恙，又受李皇后的钳制，不向孝宗皇帝请安，闹得人心惶惶，鸡犬不宁，宰臣们也束手无策。陈亮则给两位皇帝一个台阶，说现任皇帝对老皇帝很尊敬，光荣地继承了老皇帝勤政的传统，一心一意治理天下，把对老皇帝的敬爱与尊重化为动力，落实了日常的政务处理中。至于那些早请示、晚回报的虚名，小皇帝不想去博取，老皇帝也不喜欢。