认为以色列的先发制人的进攻是同美国合谋搞的这种判断，使埃军首脑们又一次重温1956年苏伊士运河战争时英、法两国军队参战的恶梦。
6月5日午后，阿密尔总司令越过西奈防御司令穆尔塔吉将军同西奈的各师长直接通了电话，以便掌握情况。他还一再催促穆尔塔吉向阿布奥格拉和阿里什派出增援部队，但未被重视。
6月6日晨，他收到阿布奥格拉陷落和以军正向阿里什前进的报告。埃军总参谋部仿佛陷入了恶梦，一种恐怖之感油然而生：美国是否要在苏伊士运河和尼罗河三角洲登陆?尽管没有任何征兆表明美军要在上述地区登陆，但参谋们和阿密尔本人不能不为此担心。这种恐怖驱使阿密尔总司令和1956年时一样，作出了要西奈防御部队撤退的决定；阿密尔总司令既不向纳赛尔报告，也不征求参谋们的意见，他武断地向西奈防御部队下达了撤退的命令。命令仅仅两个字：“撤退。”师长多数是政治军官，他们很会利用时机，他们向下属部队传达了撤退命令后，便首先登上汽车向伊斯梅利亚方向逃去。埃军的弱点在高级军官。
埃军从突然袭击的冲击下恢复过来，是在阿密尔总司令下达撤退命合以后。在此之前，总参谋部的参谋们正在研究仍按计划实施作战的问题。他们认为，埃军经过反击可以在利布尼和萨马代之间阻止以军前进；即使在最坏的情况下，也可以在吉大加法、米特拉山隘、吉迪山隘以东阻止以军前进。可是就在这时阿密尔总司令突然发出了撤退的命令，这使参谋们和部队陷入了混乱。奉命撤退的部队既不知道撤退的顺序和路线，又得不到掩护，在以军的快速追击下，遭到了惨重损失。
为使阿密尔收回撤退命令，埃军总参谋部的三名参谋要求直接与阿密尔面谈，5日以来阿密尔独自一人关在司令办公室里，拒绝和参谋们接触。调查部长穆斯塔法·贾马尔少将、作战部副部长纳希哈少将和利哈德·侯赛尼少将三人会见了总司令。他们说：“阁下的撤退命令只能使部队陷入混乱，请您立即撤回这个命令。”阿密尔总司令同意下达停止撤退的命舍。可是这时第3师和沙兹利师已经撤退完毕，第20、7、2、6各师也正准备撤出防御地域，停止撤退的命令已是“马后炮”了。
6月5日晚，阿拉伯各国在巴格达召开会议，决定对美、英两国实行石油禁运，同时纳赛尔关闭了苏伊士运河。
四、下令追击
6月6日晚，南部军区司令加维什将塔尔、约菲、沙龙三师长召到司令部，共同讨论下一步的作战指导问题。埃军已正式开始撤离西奈，如不立即转入追击，将很难在苏伊土运河以东捕捉到埃军。但是，在公路很少的西奈，容易陷入正面推进式的追击。为此，加维什司令命令塔尔师和约菲师猛突吉夫加法、吉迪山隘、米特拉山隘三条公路，不给埃军以构筑阵地封锁公路之机。沙龙师、塔尔师和约菲师余部展开在宽大正面上突进。