日本侵略军在对抗日根据地血腥扫荡中，推行野蛮的三光政策，犯下了累累血债。据统计，从1937年—1945年，仅晋绥、晋察冀、冀热辽、晋冀鲁豫、山东、苏皖、中原7个抗日根据地，中国军民就被日军杀害318万人。
在侵华战争中，日本公然违背国际法，在中国研制和使用细菌武器，进行细菌战，大量残杀中国人民。臭名昭著的第731部队、第100部队等细菌战部队，总人数达2万余人。他们还对实验对象进行活人解剖。每年用于试验的人达400—600人。据不完全统计，从1939年—1945年8月，731部队至少残害了3000多人。
从1940年下半年开始，侵华日军开始大量使用细菌武器，如感染力强、传染迅速、杀伤力大的霍乱、伤寒、鼠疫、炭疽病等菌种，以及白喉、痢疾等细菌。日军进行细菌战的区域遍及华北、华中及重庆等广大地区，残杀中国军人和无辜居民数十万人。
除使用细菌武器外，日本还从侵华战争一开始，就使用化学武器。日军还在中国居民区施放毒气，并在水井和河水中投毒。据不完全统计，日军在侵华战争中，使用化学武器2000多次，地点遍及中国的18个省区，给中国军民造成9万余人的伤亡。日本投降时，尚有200余万发毒气弹遗弃在中国各地，给当地居民留下严重的伤害和隐患。
而日本731部队进行的一系列骇人听闻的试验地，更是让人不能接受，其中的冻伤实验是在哈尔滨郊外零下二十几度的低温下，被迫接受实验的中国妇女被捆绑着，双手裸露在空气中，几个日本兵不停地用瓢舀起冰水，浇在该妇女手上。十几小时后，这双手冻得硬硬的，上面盖了一层冰。回到室内后，日本人命该妇女把手浸泡在温水中，直到双手软软地垂了下来。忽然，一个日本人使劲一捋，把此妇女双手的皮肉象脱手套一样地脱了下来，整个肘部以上的双手顿时变成了只残留极少数肉丝的森森白骨。该妇女因还是婴儿的孩子已成为实验的牺牲品，她早已半疯半痴了，把双手，如果还称得上是手的白骨举成戳向半空的姿势，呆呆地看着，忽然撕心裂肺地惨叫起来在活体解剖试验中，一个中国小乞丐和日本小孩因玩皮球成了好朋友，日本人授意让日本小孩带中国小乞丐进731大院，以食物诱骗等手段让中国小乞丐接受身体检查。中国小乞丐在脱光衣服时还露出了童稚的羞涩笑容。上了手术台，麻醉完毕后，日本人熟练地将中国小乞丐开膛破腹，把心脏、肝脏等器官逐一取出，浸入早已准备好的生理盐水。那离开身体的心脏捧在日本人沾满鲜血的手上时还在跳动。手术完毕后日本小孩把中国小乞丐的残骸断肢推去焚化。