1921年5月，蒋介石写信给孙中山，表示完全反对这个选举计划。他认为：广西的军阀还未彻底清除，西南部也还未得到控制，此刻没有时间进行选举。更何况，选举因议员不够法定人数而缺乏法律依据，他写到：“在平息广西的叛乱后，我们可望继续向东北进军、直捣敌人的心脏”。他还充满信心的写道：“统一全中国并非一个非常艰苦的任务”。在信的最后，他再次提醒孙中山不要轻信陈炯明。
孙中山并未重视蒋介石的这封信。蒋介石没有参加广西战役，6月14日他母亲去世，他立即赶了回去，一直呆到11月他母亲安葬完毕。这期间，他除了几次返回广东外，大部分时间都在溪口，孙中山未出席葬礼，但他为蒋太夫人写了一篇感人的悼文，并在葬礼上由人代读。
正如蒋所判断的那样，陈炯明开始背叛革命。1922年3月21日，粤军高级军官、蒋介石的朋友邓铿被暗杀。陈炯明涉嫌很深，但没有确凿的证据可以指控他。陈炯明有很大的可能暗杀邓铿，因为邓铿非常忠心于孙中山。陈炯明计划排挤或除掉孙中山周围的高级军官，使其孤立无援；然后他再逼迫孙中山推迟甚至放弃北伐计划。
蒋介石强烈要求孙中山将他的部队秘密开进广州，重建其大元帅的权威，然后清除广西残余桂军，最后出征北伐。
4月，孙中山的部队开到广州。这时，陈炯明拍电报给孙中山，请求辞去他的几个主要职务——这是传统的拉开距离的中国方式。孙中山批准了他的辞呈，但要求他仍留任陆军部长职，陈炯明拒绝孙中山的挽留，将他的部队开回老巢——广州东部的惠州，在那里静观事态的发展，等待时机。
蒋介石强烈要求进攻惠州，然后平定广西，但孙中山又一次拒绝了蒋介石的建议。恼怒之下；蒋介石回到上海。4月22日他写信给陈炯明，呼吁他与孙中山团结合作，参加北伐。陈炯明未予理睬。
陈炯明与北方军阀的暗中勾结现在公开化了。这些北方军阀都有自己的代表在北京政府内任职。北洋政府致电孙中山，要求他辞职，陈炯明及其手下公开支持这种要求。
6月16日，陈炯明倚仗北洋政府在政治和军事上的支持，公然派他的部队炮击孙中山的官邸，企图谋害孙中山。
这时，蒋介石还在上海，他后来回忆说，陈炯明曾向他的部下许诺，如果能杀死孙中山，则犒赏20万美金，他还要洗劫广州城三天。
孙中山坚持到最后，只是在他的同志们的劝说下，才离开广州。在广州的大街上，他一度与叛军相遇，但侥幸的是未被认出来，孙中山逃到停泊在黄埔港的“永丰”号军舰上。