9月20日，蒋介石率领他手下的黄埔军校学员突然解除了许崇智部队的武装，而这些部队后来被并入蒋介石的第一军。
第二天，许崇智被解除了军事部长的职务，并被剥夺了对粤军的指挥权。他还被从广州驱逐到上海。现在，竞争国民党最高领导人的对手只剩下蒋、汪两人了。
被击败但尚未完蛋的陈炯明对国民党来说，仍然如同芒刺在背。他从1925年初就一直在制造麻烦，现在他又重新发动了大规模的进攻。国民党觉得有必要一劳永逸地拔掉陈炯明这根刺。
在蒋介石的指挥下，国民革命军的五个军于1925年10月6日开始东征。一个月之后，蒋介石向广州发去了报捷的电报：
“今天，我们长驱600里已抵达惠州。普通老百姓从四面八方成群结队的涌来争睹我军的风采，并给我军送吃送喝。”惠州是陈炯明叛军的总部，该城被攻下后，陈炯明逃到香港避难，从此以后，他过着默默无闻的生活。
在蒋介石写给当时任第一军第一师党代表的周恩来的一封信中，蒋抱怨各师团中党的工作没有做到家；他还抱怨军官们的粗野行为（最不象话的一个例子是一个班长将臭袜子塞入一个士兵的嘴里）。他写道：“我们正在进行一场革命，如果我们不开始改善士兵的生活，那么，所有那些关于改革和社会进步的标语就只不过是一些空话，”遗憾的是，那位中国共产党未来的总理的回信没有保留下来。
在战场上取胜的蒋介石现在又面对一场意想不到的政治挑战。那些心怀不满的国民党右派，为了取得戏剧性的效果，在北京郊外的西山碧云寺孙中山的灵枢前开了个会议。他们一共只有十个人，但这并不妨碍他们发表一个口气很大的决议。这个决议要求将所有的共产党员从国民党中清除出去，驱逐鲍罗廷等俄国顾问，全面改组国民党，将国民党总部由广州迁到上海等，当时正在惠州的蒋介石听到西山会议召开的消息后，愤怒地谴责了西山会议的参加者，这使他仍然维持着一个国民党左派领袖的形象。
这时，另一个叫“孙文学会”的右派组织也开始在广州积极进行反共活动。
尽管有这些分裂活动存在，蒋介石此时仍觉得可以积极筹划北伐，至少在军事上是如此。