毛泽东此刻处于某些麻烦中。土地改革使许多穷苦农民站到共产党一边，但却疏远了许多需要与之合作的中农。国民党军的封锁和夏季攻势带来了许多不利。毛的部队薪金很少，而且给养又很差，所以有些人也开始闹起事来。
在政治上，毛因头一年的失败仍不得志。他没能参加从7月17日到9月1日在莫斯科举行的中国共产党第六次代表大会。共产党的领导权落到了李立三手中。他是一个知识分子，曾在法国留学。不久，他便卷入了与毛泽东的那场有历史意义的争论之中。周恩来被选为新的政治局委员，但毛泽东却没有。毛当选为中央委员。可是由于通讯设备太差，直到冬天，毛才知道自己已部分复职。
尽管蒋在他数年后的一本名为《中国的苏维埃》的书中曾提到这些情况，但是当时他当然也不知道这些变化。
进驻北京是他北伐的最高峰，他在高级军事将领的陪同下，到西山的碧云寺作了一次虔诚的朝圣。
在孙中山的灵枢前，蒋与他的同僚们脱帽伫立，不一会，蒋便抑制不住地抽泣起来。
情感是短暂的，胜利的欢欣也是如此。
现在，战斗结束了，国民党内立刻在左派与保守派之间及蒋介石的支持者与反对者之间产生了新的派系斗争。
1928年7月下旬，蒋去南京参加国民党中央执行委员会的会议。他提交了辞呈，但无人对此感到意外，因为大家熟悉他的习惯，这次，他有了可以公开的理由。人们都很清楚，他只是在战斗中任总司令，而现在战斗结束了。
然而，蒋当时辞职的真正原因是要阻拦他的下属将领，因为他们希望蒋不要理睬少帅所表现的忠诚，继续用军事进攻占领东北。总之，他们认为，张学良的父亲曾在北京指挥了反对南方的军队，所以他的儿子一定要受到教训，向强硬路线低头，但是，蒋急于巩固他的权力以及他所构想的随之而来的革命，而征服东北将浪费本来就不足的人力物力。
蒋的下属们认为蒋错了，同时，他们强调说，蒋在和平时期不做总司令是没有道理的。其实如果蒋成为行政院主席的话，对他们来说才是真正有用的。但就真正的权力而言，所有这些都是不够的，蒋可以在他已有的职务上再加上新的头衔，但要让人真正对他服从敬畏则又是另一码事。从这个意义上讲，蒋的权力是虚幻的。
在北伐胜利完成之后，蒋的同僚和下属们注意到了他的一个变化，那就是他们发现他“骄做自负，独断专行”。