他解释到：在苏联，任何嫌疑分子都会立即被逮捕，送到内务部。一旦进了内务部，就只有两条路可走：不是西伯利亚就是地狱。
尽管蒋介石偶而也表现得毫无怜悯心，但他决不是一个嗜血成性的人。
然而不久，他就对惩罚感兴趣了，他发现迅速处决是一种令人生畏的惩治办法。
山东军阀韩复榘由于不遵守委员长的命令，率领所部撤出山东，把山东让给了日本人。委员长下令逮捕他，送交法庭判决，并于1月24日将其处决。同月，还有另外九名军官被枪毙，三十名军官因有背叛嫌疑而被革职。
但是其他军阀却受到重用，在战争中扮演了重要角色，其中包括阎锡山、冯玉祥、李宗仁和白崇禧，白崇禧还担任了总参谋长。特别是冯玉祥，他从韩复榘的死中捞到好处，把韩的侄女纳为妾——后来冯玉祥夫人把她从家里赶了出来。
南京陷落以后，蒋介石放弃了他所有的行政职务，他辞去行政院长之职，让孔祥熙继任。
从那时起，至少在一段时间里，他曾决定集中精力进行一些军事战役。
其中一部分战役取得胜利。例如，在山东南边的八庄，日军在现代意义上的直接战争中受到第一次沉重打击，损失4．2万人。在郑州会战中，国民党用炸药炸开黄河大堤，致使河水泛滥，几干名日军被淹死，洪水还吞没了日军许多大炮和其他装备。
但很多无辜的百姓也在洪水中丧生——到底死了多少人已无从知道。蒋介石人为地制造的洪灾淹没11个城市和4，000个村庄，共计两千万农民被迫离开家园。
正是诸如此类的事件使得千百万默默无闻的农民不断地远离国民党的统治，转而热烈地欢迎中国共产党。
虽然蒋介石已经辞去了日常行政职务，但他希望他的最高领导地位得到确认。1938年3月29日至4月2日，国民党在汉口召开临时全国代表大会，适时地授予他这种权力。他当选为党的领袖（总裁），对所有国民党的决定拥有最后裁决的权力。
他需要一位副总裁，于是毫不犹豫地选中了他的对手汪精卫，汪很有才能，也很不可靠，但是，让其担任公职，接受领导比让其逍遥自在和密谋策划更为安全。
汉口时期一直到1938年10月告一段落，身临其境的外国观察员报道了这个国民党历史上最辉煌的阶段。面对死亡的危胁和强敌入侵的压力，在混乱中达到了一致的和谐与统一，一些作家和记者以及有才能的专家来到这个临时作为首都的工业城市，为抗战尽他们的一份力。国共两党携手工作，在内政和军事计划上进行合作。