突然，共产党的参谋长项英秘密率领他的部队南移。1941年1月4日，新四军与兵力占绝对优势的政府第十四师交火。后来的事情就不清楚了。能肯定的是，项英被杀，新四军的军长叶挺受伤入狱。共产党大约损失了1000人。
1月17日，蒋介石命令解散新四军。共产党没有理会这个命令，以同样的名称重新组成了新四军，用七个师的兵力代替原来的那支军队。在好几个星期的时间里，共产党的宣传猛烈指责国民党解散新四军的做法，并指出这个决定是“亲日派”打算与日本人签定和约并参加反共协定的计划的一部分。
3月6日，蒋介石给国民参政会写了一封长信，指责共产党不讲信用，并加上了下面这段并不全是实话的文字：
我无须声明，我们的政府唯一关心的就是领导全国抗击日本侵略者，消灭叛徒汉奸，它绝没有一点要再以武力“镇压共产党”的意思。政府不愿再听到那种现在已成为中国历史遗迹的不吉利的话。望他们服从命令，放弃对他们的战斗同志的攻击，并停止一切挑衅行动；这样，政府将尽可能地为他们考虑。
以前，蒋介石曾私下说过：“日本人是肌肤之病，共产党则是心头之患。”
即使在“新四军事件”之后，国共两党的关系仍在继续。
1942年3月28日，周恩来和林彪（此人在黄埔军校曾是蒋介石的学生）以共产党的名义提出了四条要求：
一、在全国范围内承认中国共产党的合法地位，而目前只是有限的容忍。
二、正式承认“解放”区的行政机构。
三、将八路军由三个师扩充到十二个师。
四、允许新编的新四军留在黄河以南，直至战争结束。
蒋介石拒绝了这些要求，但是一年之后，它们又被提出来了。
在新四军事件之后，接踵而来的是桂林和昆明这类城市中势头越来越猛的反蒋活动。当时，委员长手下的桂林政府是由李济深主管的，这样，原来以香港为基地的左翼作家和剧作家便云集桂林。
李济深愿意为这些文化难民提供保护，他为他们找工作，给他们以财政资助。那时，欧阳予倩领导着省立戏剧艺术学院，他以前曾参加过福建省国民革命政府。在他的指导下，以反政府为主题的剧目获得了极大的成功。尽管这些剧目没有对蒋介石指名道姓，但是观众一看就知道他是靶子。人们从秦始皇和曾国藩这类剧中人，看到了蒋介石的影子——前者是秦朝的第一个皇帝，后者是蒋介石十分佩服的一个十九世纪的军事政治家。对反蒋立场不加掩饰的杂志也如同雨后春笋。