得罪文官，是因为他在行辕内设置的“审案局”。他的审案局类似于今天的“严打办”，专管治安案件，凡有被举报从匪、抢劫及其他严重违反治安管理条例的犯罪嫌疑人，统统属于“审案局”承办范围。解到之后，只有三种处理办法：“重则立决，轻则毙之杖下，又轻则鞭之千百”。审案局并不尊重正常办案程序，即使已被州县立案、尚未就审的嫌疑人，
也是“闻信即提来”，“即时讯供，即时正法，无所期待迁延” 。不但一般“恶民”他要杀，“公务员”也不放过：“有上言胥吏贪恣，辄捕治斩之” 。他自觉为民除害，问心无愧，即使“身得武健严酷之名，或有损于阴骘慈祥之说，亦不敢辞” ，而且“三月以来仅戮五十人，于古之猛烈者，曾不足比数” 。这是一到四月的数据，而到七月底再统计，审案局共杀掉二百多人 ，势头越来越“猛烈”，可以媲美古代酷吏了。但是，案子就是钱，案子就是人情，曾大人把案子都拿去了，全省上下，自布政使以至知县的人情、案费就都不见了，人家能没意见吗？所以，长沙城中“文法吏大哗”，都看不惯他（当时官绅李瀚章、魁联、朱孙诒、郭嵩焘、欧阳兆熊等都给他写信，表示了不同程度的抗议）。巡抚骆秉章也不以为然，想要制止他。但是皇帝支持他，还鼓励他“务期根株净尽” ，所以“未有以难也” 。
越俎代庖的治安严打，得罪了文官，恪遵职守的练勇治军则得罪了武将。刚到省城，每月逢三逢八之日，他就召集乡勇和标兵（巡抚、提督的亲兵）“会操”，亲自校阅。但只练了几次，对于藉此提高标兵技战术水平的可能性，曾国藩就感觉希望渺茫，“恐岳王复生，半年可以教成其武艺；孔子复生，三年不能变革其恶习” 。但他还是不想放弃，希望通过弹劾和保举这两种非常手段，以示奖罚严明，提升士气。去年太平军攻城，挖通地道，炸坍南城，协副将清德吓得摘掉顶戴，跑到市民家躲藏，部下兵丁则四处逃窜，脱掉的号衣堆满街道。直到今年，这还是长沙市民茶馀饭后的笑料。他和巡抚、提督关系好，所以未被奏革，继续在军营里混日子。清德有养花的雅好，平日下乡剿匪，也不忘寻访奇花异草，每次都要带回满船的花木。每月五次的会操，他从未参加，天天呆家里伺候花草。曾国藩要拿来祭刀的，此君自然是当仁不让。塔齐布刚因去年守城有功提拔为参将，今年则不仅会操一次不落，还遵命密捕了几个巨盗，和曾国藩甚为相得，早已是身在绿营心在湘军。带同部下诸殿元按照湘军的制度训练手下辰勇（当时勇源不止湘乡一处，湘乡以外勇丁，有少部分托管给提标军官管带），也颇有成效。曾国藩用来树榜样立模范的，自然是这两位。于是，六月十二日，他连上两摺，分别参劾清德和保举塔齐布、诸殿元。摺子里不管说好说歹，都是斩钉截铁的狠话：参摺不但要求革职，还请求将其解交刑部，从重治罪；保摺则请求破格超擢，并将塔、诸二人的未来表现一并担保：“如该二人日后有临阵退缩之事，即将微臣一并治罪” 。为了不让和清德共事已久的巡抚骆秉章从中阻挠，参摺和湖广总督张亮基会衔上奏，保摺则秘密上奏。摺上，俱蒙批准：塔、诸分别赏给副将、守备衔；清德革职拿问，交督、抚讯明定拟。